13 сентября 1920 г. новообразованное Управление делами ВЧК возглавил по совместительству г. г. Ягода, среди руководящих работников УД также был помощник Ягоды Яков Давидович Березин).
21 сентября 1920 г. еще одно новое подразделение центрального аппарата ВЧК — Административно-организационный отдел возглавил уже упоминавшийся Л. М. Брагинский. Как самостоятельная единица отдел просуществовал недолго, и уже 1 декабря того же года вместе с Административными отделами Особого и Транспортного отделов вошел в новое Административно-организационное управление ВЧК, начальником которого стал известный чекист Иван Андреевич Апетер — латыш по происхождению, которого позднейшие фальсификаторы истории записали в евреи (под именем Хаим он попал и в комментарии к современному научному изданию).[24] Из подлинных евреев — руководящих работников нового управления, отметим секретаря АОУ Якова Исааковича Серебрянского, начальника контрольной комиссии Сергея Михайловича Шпигельглаза (оба впоследствии стали выдающимися разведчиками) и начальника Административного отдела Л.М. Брагинского.
26 ноября 1920 г. были организованы Оперативный отдел (на базе части Активного отделения при Президиуме и Регистрационно-статистического отдела) во главе с Борисом Моисеевичем Футоряном и Специальное отделение при Президиуме ВЧК во главе с бывшим начальником Активного отделения А.Я. Беленьким.
После реорганизации структуры центрального аппарата ВЧК в январе 1921 года были образованы Секретно-оперативное (СОУ) и Экономическое (ЭКУ) управления. В СОУ из руководящих сотрудников можно отметить чекистов-евреев:
В Оперативном отделе-начальник отдела Футорян (после его ухода с чекистской работы в апреле того же года отдел возглавил Владимир Исаакович Хаскин, а еще через 2 месяца, 1 июля начальником Оперотдела становится белорус Иван Захарович Сурта), секретарь отдела Софья Борисовна Иоффе, начальники 2 отделений (из 11) — оперативного (Шлема Вульфович Гольдесгейм) и обработки материалов (Моисей Израилевич Шкляр);
В Особом отделе-заместитель начальника отдела г. г. Ягода, начальники спецотделений (нумерация начиналась с 13-го): а) 14-го (контрразведка по странам Востока) — Моисей Григорьевич Калужский (его преемниками в течение года побывали старые большевики С. г. Могилевский, Моисей Абрамович Трилиссер и Абрам Аронович Вербов, помощником начальника отделения был Мирон Маркович Великовский); б) 15-го (контрразведка по основным европейским странам) — Карл Викторович Паукер (декабрь 1921 3 июль 1922 г г., с января 1921 г. был помощником начальника отделения); в) 16-го (собственно военная контрразведка в Красной Армии) — Я.С. Агранов (через 3 месяца в апреле 1921 г. его сменил Сергей Васильевич Пузицкий, русский дворянин); г) в январе 1922 г. было организовано 11-е спецотделение во главе с З.М.Залиным (Левиным) (до мая того же года);
