В это же время Фрунзе возглавил операцию по уничтожение недавнего союзника красных в битве за Перекоп — повстанческой армии Махно. С декабря 1920 по март 1924 г. Фрунзе был командующим войсками Украины и Крыма, членом Политбюро ЦК УКП(б) и, занимая другие высокие посты на Украине, лично руководил карательными операциями против украинских крестьян-повстанцев.
Для военной карьеры Фрунзе характерно использование двойной кадровой тактики. С одной стороны, в его распоряжении постоянно находились опытные офицеры бывшего Генштаба российской армии, с другой — палачи-чекисты, руководившие расстрелами. Например, с марта 1919 г. под началом Фрунзе был бывший генерал-генштабист А. А. Балтийский, который, вместе с другими подобными советниками, обеспечил легендарному красному полководцу большинство его побед. Одновременно ближайшим помощником Фрунзе был начальник Особого отдела Южного фронта Е. Г. Евдокимов. В конце 1920 г. Фрунзе вручил этому чекисту орден Красного Знамени за успешное проведение спецоперации в Крыму, в ходе которой под личным руководством Евдокимова было казнено 12 000 человек, в том числе 50 генералов и 300 полковников. Понимая, что открытое награждение Евдокимова бросает слишком очевидную кровавую тень на него самого, Фрунзе написал на его наградном листе: «Считаю деятельность т. Евдокимова заслуживающей поощрения. Ввиду особого характера этой деятельности, проведение награждения в обычном порядке не совсем удобно». Заметим, что первый свой орден Красного Знамени Евдокимов получил за участие в «зачистке» Петрограда в 1919 г.
В 1920-е годы Фрунзе занимал высшие военные и партийные посты (член ЦК РКП(б), начальник Штаба и Военной академии РККА, кандидат в члены Политбюро ЦК). Вместо попавшего в опалу Троцкого был назначен председателем Реввоенсовета СССР и наркомом по военным и морским делам. Он стал первым военным теоретиком, который в своих работах провозгласил необходимость карательных «зачисток» в полосе действия наступающей армии и широкого применения диверсантов-партизан. Основные из этих работ — «Реорганизация РККА» (1921), «Единая военная доктрина и Красная армия» (1921) и «Фронт и тыл в войне будущего» (1924). Для названных целей Фрунзе активно формировал в составе подчиненных ему войск Части особого назначения (ЧОН). В 1924-25 гг. он возглавил проведение военных реформ, главной целью которых считал подготовку РККА к участию в мировой революции. В 1925 г. Фрунзе руководил на Дальнем Востоке торговлей наркотиками, деньги от которой шли на поддержку китайских коммунистов. Фрунзе умер 26 января 1925 г., в результате неудачной медицинской операции. Существует версия, что операция стала неудачной по приказу Сталина. Похоронен на Красной площади.
