С февраля 1919 г. Фрунзе последовательно возглавлял несколько армий, действующих на Восточном фронте против Верховного правителя России адмирала А. В. Колчака. В марте он стал командующим Южной группой этого фронта. Подчиненные ему части настолько увлеклись мародерством и грабежом местного населения, что совершенно разложились, и Фрунзе не раз посылал в Реввоенсовет телеграммы с просьбой прислать ему других солдат. Отчаявшись получить ответ, он стал сам вербовать себе пополнение «натуральным методом»: отогнал из Самары эшелоны с хлебом и предложил оставшимся без еды людям вступать в Красную армию.
В крестьянском восстании, поднявшемся против Фрунзе в Самарском крае, участвовало более 150 тысяч человек. Восстание было утоплено в крови. Отчеты Фрунзе Реввоенсовету полны цифрами расстрелянных под его руководством людей. Например, за первую декаду мая 1919 г. им было уничтожено около полутора тысяч крестьян (которых Фрунзе в своем отчете именует «бандитами и кулаками»).
С июля 1919 г. Фрунзе становится командующим Восточным фронтом, под его руководством Красная армия завоевала Северный и Средний Урал. Одерживать победы ему помогали массовые расстрелы красноармейцев, не выполнивших приказ, и широкое применение наемников (в том числе китайских), деньги на содержание которых добывались мародерством. С августа 1919 г. по сентябрь 1920 г. Фрунзе командовал Туркестанским фронтом (созданным на территории Самарской, Астраханской, Оренбургской губерний и Уральской области). Главный его «подвиг» в это время — жестокое подавление антибольшевицких выступлений местных жителей: если в каком-либо населенном пункте встречалось сопротивление, каждый десятый его житель приговаривался к расстрелу. Затем Фрунзе «оказал помощь народам Хивы и Бухары», т. е. сверг законные правительства этих зависимых от Российской империи территорий и установил там власть большевиков. Под руководством Фрунзе были проведены карательные операции среди среднеазиатских крестьян, с оружием в руках выступивших против грабителей в красноармейской форме. Особенно кровавыми были рейды Фрунзе в Ферганской долине.
В сентябре 1920 г. Фрунзе назначили командующим Южным фронтом, действующим против армии генерала П. Н. Врангеля. Он руководил взятием Перекопа и оккупацией Крыма. В ноябре 1920 г. Фрунзе обратился к офицерам и солдатам армии генерала Врангеля с обещанием полного прощения в случае, если они останутся в России. После занятия Крыма всем этим военнослужащим было приказано зарегистрироваться (отказ от регистрации карался расстрелом). Затем солдаты и офицеры Белой армии, поверившие Фрунзе, были арестованы и расстреляны прямо по этим регистрационным спискам. Всего во время красного террора в Крыму было расстреляно или утоплено в Черном море 50–75 тыс. человек.
