В начале 1919 г. Фурманов был послан на Восточный фронт и стал комиссаром 25-й дивизии, которой командовал Чапаев. Эта дивизия воевала не только с войсками адмирала А. В. Колчака, но и с населением местных станиц. В своем романе «Чапаев» Фурманов не скрывает, какова цель красных: «Казацкие войска не гнать надо, не станицы у них отнимать одна за другою… Уничтожение живой неприятельской силы — вот задача, которую поставил Чапаев перед собою». «Чапаев пленных брать не приказывал ни казачишка. „Всех, — говорит, — кончать подлецов!“…» Любимый герой Фурманова стремится не победить, а именно уничтожить независимых уральских казаков, за что и был в конце концов ими убит.
Фурманов покинул Урал еще до разгрома казаками чапаевского штаба и вскоре был направлен в Семиречье как уполномоченный Реввоенсовета Туркестанского фронта. Он получил особый мандат за подписью В. В.Куйбышева и поручение контролировать все партийные организации Семиреченской области (то есть следить за благонадежностью товарищей по партии). В июне 1920 г. против большевиков восстал гарнизон г. Верного (Алма-Аты) — около 5 тысяч бойцов Красной армии. Восставшие обратились к армии с воззванием: «Товарищи красноармейцы! За кого вы бились два года? Неужели за тех каторжников, которые работают теперь в особом отделе и расстреливают ваших отцов и братьев? Посмотрите, кто в Семиречье у власти: Фурманы…»
Фурманов, отнесенный красноармейцами к каторжникам, взялся за ликвидацию восстания, которое описал в романе «Мятеж» (1925). Он вел с восставшими переговоры, намеренно затягивал их, льстил слушателям, выигрывая время до подхода преданных коммунистам войск (им внушили, будто восставшие подкуплены из-за границы). В своем романе Фурманов откровенно восхваляет ложь и лицемерие как надежные орудия власти. Ликвидация мятежа считалась «бескровной». На деле же после капитуляции гарнизона председатель военсовета Фурманов издал приказ: предать зачинщиков «суду военного времени»: «С провокаторами, хулиганами и контрреволюционерами будет поступлено самым беспощадным образом…». Одни повстанцы были расстреляны, другие арестованы, хотя сами они, несмотря на все угрозы комиссарам в своих воззваниях, реально никому вреда не причинили.
После гражданской войны Фурманов занялся наведением «партийного порядка» в литературе: работал политредактором Госиздата, а потом секретарем Московской ассоциации пролетарских писателей (МАПП), которую М. А. Булгаков вывел в «Мастере и Маргарите» под названием МАССОЛИТ. «Надо учиться ленинизму… иначе всем вашим писаниям будет грош цена», — внушал Фурманов начинающим авторам. Он боролся против появления в печати «классово чуждых произведений», о чем писал в 1925 г. в своем дневнике: «Надо раздавить врага, враз раздавить, иначе оживет…». Врагами для него были все, кто писал не так, как учит «простая и мудрая ленинская наука». Фурманов предлагал поддерживать «попутчиков» (то есть непролетарских писателей, одобрявших революцию), но «не отступая ни на йоту от пролетарской идеологии». Был одним из авторов резолюции ЦК ВКП(б) «О политике партии в области художественной литературы» (1925), где подтверждалась неуклонность «классовой борьбы на литературном фронте». Эта борьба поглощала все его существо. Даже умирая, Фурманов из последних сил обратился к очередной конференции московских писателей: «Требую полностью выполнения постановления ЦК о литературе…».
