Кроме того, Фурманов лично участвовал в октябрьском перевороте, в преследованиях и уничтожении неугодных ей людей. В августе 1917 г. он стал секретарем штаба революционных организаций в Иваново-Вознесенске, потом вошел в руководство местного Совета. По его приказу были арестованы почтово-телеграфные служащие, которые пытались мирной забастовкой выразить свой протест против октябрьского переворота. До определенного момента Фурманову было не важно, в какой партии состоять — лишь бы против российского государства и его законов. Весной 1917 г. он примкнул к эсерам-максималистам, потом сблизился с анархистами.
Но когда летом 1918 г. большевики вытеснили анархистов с эсерами, он вступил в коммунистическую партию, записав в своем дневнике: «Только теперь начинается сознательная моя работа, определенно классовая, твердая, нещадная борьба с классовым врагом». Он тут же включился в организованное большевиками истребление народных сил, сопротивлявшихся перевороту. Сформировал в Иваново-Вознесенске отряды для подавления антибольшевицкого восстания в Ярославле. С этими отрядами две недели героически сражалось обычное городское население: гимназисты, служащие, мастеровые. При взятии засыпанного красными снарядами города все его защитники были уничтожены — в том числе и руками тех карателей, которых направил в Ярославль лично Фурманов. Осенью 1918 г. он стал секретарем Иваново-Вознесенского окружкома РКП(б) — правой рукой М. В. Фрунзе, который поручил ему руководить пропагандой среди военных частей Ярославского округа. Так Фурманов стал политическим комиссаром. Именно в этой должности он вывел себя в романе «Чапаев» под фамилией Клычков.
Главной функцией комиссара был надзор за политической благонадежностью командиров и рядовых красноармейцев. Фурманов приступил к этому делу с большой энергией. В декабре 1918 г. он отправился в Ярославскую губернию для инспектирования военных комиссариатов, откуда ежедневно писал своему начальнику, Фрунзе донесения о настроениях в армейских частях. Например: «На всех живоглотов-кулаков, которые сеют в массу солдат разные провокационные слухи, партийная ячейка должна обратить свое внимание… Всех кулаков взять на учет, а также вменяется в обязанность членам ячеек следить за командным составом, который зачастую ведет антисоветскую агитацию…». Под антисоветской агитацией тогда понималось любое упоминание о репрессиях и бедствиях народа на советской территории. Упомянутых «кулаков», то есть недостаточно «сознательных» красноармейцев, Фурманов предлагал «частью сажать в тюрьму, а самых опасных и крикливых — расстреливать». Будущий писатель и сам приложил руку к расстрелам: он выступал обвинителем в революционном трибунале.
