В ночь с 23 на 24 сентября войска Суворова начали свой последний переход. В арьергарде остался Багратион, не имевший ни артиллерии, ни патронов. Весь день 24 сентября он отбивал одними штыками втрое превосходящего противника. Но и Суворову пришлось не легче. Его солдаты, а вместе с ними он сам, карабкались по обледенелым заоблачным скалам, бросив всех лошадей и последние пушки. В полдень 26 сентября они добрались до деревни Панике, а к вечеру — до Иланца.
27 сентября остатки голодной, оборванной, обмороженной и почти безоружной армии спустились в Кур, где впервые за три недели нашли достаточные запасы продовольствия и спокойный ночлег. На сей раз австрийцы были совершенно другими: Мелас тут же доставил амуницию, боеприпасы, продовольствие, а также лошадей и фураж. Но от предложения австрийцев воевать дальше Суворов наотрез отказался: у русских на это просто-напросто не было сил.
8 октября в Линдау как нельзя более кстати пришел рескрипт Павла, требующий прекращения поддержки австрийцев. Через два дня Павел приказал малыми переходами, щадя солдат, уходить в Россию. 29 октября в воздаяние заслуг в Швейцарском походе Суворову была оказана высшая степень почестей — присвоено звание генералиссимуса всех российских войск.
15 ноября армия двинулась в Россию. На несколько недель остановились в Чехии. 15 января, получив в Праге приказ Павла: «Идите домой немедленно», — Суворов начал свой последний переход к границам Родины.
Когда Суворов еще находился в Праге, он стал испытывать первые серьезные признаки недомогания, а потом и болезни. Заболел-то он намного раньше, еще в Швейцарии. Но, собрав все силы в кулак, потому что его здоровье было здоровьем армии, а его болезнь, если бы он ей поддался, стала бы ее немощью, Суворов держался изо всех сил, понимая, что его нервами и его несокрушимым духом живет все воинство.
А мир подействовал на него расслабляюще, да и годы давали о себе знать — приближалось семидесятилетие.
В Кракове он слег, но, пролежав несколько дней, велел ехать дальше. С трудом сопровождавшие Суворова довезли его до Кобрина, куда примчался из Петербурга личный врач Павла Вейкарт. На время Суворову стало лучше, и он решил ехать дальше.
Ему сказали, что в Петербурге его ждет триумфальная встреча — с пушечной пальбой и колокольным звоном. Однако вслед за тем пришло известие, что никакой встречи не будет. 20 марта 1800 года в приказе по армии генералиссимусу всех российских войск объявлялся выговор «за то, что он в походе имел, вопреки уставу, по старому обычаю, непременного дежурного генерала». Павел всегда был человеком крайностей, но на этот раз даже он превзошел самого себя.
