Осенью на основании телеграммы № Г/192 начальника штаба ВВС КА от 14 октября 1941 г. готовилось перебазирование школы в Сталинград, но затем новым местом дислокации был определен г. Карши в Средней Азии. Тогда же из школы был выведен истребительный отдел, который эвакуировали в г. Аджикабул (Закавказский военный округ). С 27 июля по 15 октября 1941 г. истребительным отделом школы переучено на самолет МиГ-3 350 летчиков, сформировано и отправлено на фронт 15 истребительных авиационных полков.
Осенью 1941 г. окончательно сформулированы задачи школы, которые по большому счету, оставались неизменными на протяжении всей войны: подготовка и усовершенствование экипажей в составе летчика, штурмана и стрелка-радиста (затем добавлен еще воздушный стрелок) Дальнебомбардировочной авиации, способных выполнять одиночные полеты по маршруту днем и ночью в простых и сложных метеоусловиях, отыскивать и поражать цели, поддерживать в полете постоянный радиообмен с КП. Комплектование школы производилось из числа летного состава, освоившего самолет ДБ-3. Планом боевой подготовки определялся срок первого выпуска (досрочного) – 15 февраля 1942 г. – 20 экипажей. Затем 15 числа каждого месяца вплоть до июня включительно школа должна была выпускать по 20 экипажей, а с июня перейти на 6-месячный срок обучения и готовить по 30 экипажей.
Видимо, переименования 1-й ВВШ в Учебный центр не произошло, так как приказом Командующего ВВС № ГОКО 1339 ее от 24 февраля 1942 г. 1-я ВВШ переименована в 1-ю Высшую школу штурманов и летчиков АДД. Школа теперь напрямую подчинялась Командующему АДД, ранее – командующему ВВС военного округа. В апреле в очередной раз пересмотрели программы обучения экипажей – срок обучения 3-5 месяцев, по 50 экипажей ежемесячно. За период обучения в школе налет летчика, согласно программе, составлял 48 ч, штурмана 50 ч, стрелка-радиста – 30 ч, воздушного стрелка – 20 ч. По прежнему в состав школы входило шесть эскадрилий. Пять бомбардировочных эскадрилий имели на вооружении бомбардировщики ДБ-3. 1-я и 5-я эскадрильи базировалась в Нишане, 2-я и 4-я – в Карши, 3-я – в Ханабаде. На вооружении 6-й смешанной эскадрильи состояли самолеты ТБ-3 и ПС-84, эскадрилья базировалась в Карши. В бомбардировочной эскадрильи по штату полагалось иметь 12 самолетов ДБ-3 и три У-2. В июле 1942 г. 2-ю и 5-ю эскадрильи перебазировали в Семипалатинск.
Решением ГКО № 3190 от 15 апреля 1943 г. школе определялось новое место дислокации – аэродром Троицк, 2-я и 5-я эскадрильи оставалась в Семипалатинске. Перебазирование из Средней Азии на Урал происходило в июле-августе 1943 г., осенью на Урал перебросили эскадрильи из Семипалатинска. Эскадрильи школы базировались в Троицке, Кумысной и в Пешковской.
