На политику Бориса, да и на положение в стране оказывал огромное влияние экономический кризис. Вызванный опричниной, Ливонской войной, стихийными бедствиями, кризис достигает апогея в 1580-е гг. В запустение приходят многие районы центра, Новгородской и Псковской земель. Резко сокращаются ремесло и торговля, в том числе и внешняя, растут цены. Казна не могла выплатить жалованье служилым людям. Крестьяне бежали в южные более плодородные районы, еще больше дестабилизируя финансовую систему.
Стремясь остановить надвигающийся хаос, правительство предпринимает целый ряд мер. Годунов проводит реформу Государева двора, который с XV в. стал одним из важнейших носителей московской государственности. Суть реформы заключалась в том, что двор стал гораздо более замкнутой и аристократической организацией, но в то же время усилилась его служилая направленность. Боярская дума, многие представители которой были руководителями приказов, все больше превращалась в орган служилой аристократии, по определению С. Б. Веселовского, в своеобразный совет «из начальников приказов». Своего значения в качестве высшего правительственного органа государства она не утратила.
Очень важен вопрос о землевладении. Исследования последних лет убедительно показывают, что в ходе опричнины характер землевладения претерпел значительные изменения. Большой урон понесла родовая княжеско-боярская вотчина. Даже владение родовой вотчиной стало связываться с понятием «жалование». В целом заметно убавилось число богатых вотчинных родов.
Заметным явлением в последней трети XVI в. стало распространение землевладения столичной знати за пределы Замосковского края, что вызвало недовольство служилой мелкоты.
Менялся и характер местного управления. В послеопричный период оживилось наместничество, система кормлений. Однако на смену им шло воеводское правление на местах. Власть воеводы принципиально отличается от власти наместника. Она значительно шире, в отличие от наместника воевода выступает прежде всего как правительственный чиновник, над которым стоят центральные административные учреждения (приказы) и который опирается в управлении уездом на местный административный аппарат. Правда, это был еще начальный этап складывания системы воеводского управления.
В начале 1590-х гг. в основном было завершено составление писцовых книг, которые фактически закрепили за помещиками работавших на их землях крестьян. Введением заповедных лет, правительство попыталось остановить бегство крестьян, укрепить налоговую систему.
