В 1479 г. Успенский собор был закончен. Это не слепое подражание собору во Владимире, а совершенно новое сооружение. Внешне собор выглядит очень впечатляюще. Все здание проникнуто торжественной величавостью и вместе с тем очень четким, строгим ритмом. Так же впечатляющ он и внутри. Благодаря высокой строительной технике архитектор увеличил внутренний объем собора. В 1514–1515 гг. собор был расписан фресками и приобрел нарядный вид. В 1485 г. началось сооружение новых стен кремля, которое закончилось только в 1516 г.
В результате были возведены ныне существующие стены Кремля, охватившие всю его современную территорию в 26,5 га. Сложилась внутренняя планировка Московского Кремля. В центре находилась Соборная площадь с Успенским собором и высокой башней церкви Иоанна Лествичника, которая позже была заменена колокольней Ивана Великого.
К северу от Успенского собора поднялся трехглавый собор Богоявленского монастыря, а на юго-западной стороне площади сооружено здание Благовещенского собора. Его строили псковские мастера, и он воплотил в себе синтез разных архитектурных школ — Владимиро-Суздальской и псковско-новгородской. В 1487–1491 гг. итальянские архитекторы Марко Руффо и Пьетро Антонио Солари построили Грановитую палату — огромный зал, своды которого опирались на мощный столп. В 1505–1508 гг. при Василии III Алевиз Новый построил усыпальницу великих князей — Архангельский собор. В начале XVI в. был построен и собор Чудова монастыря. Будучи своеобразным сочетанием русских национальных традиций и черт архитектуры итальянского Возрождения, Московский Кремль стал уникальным произведением мирового зодчества.
Рос и формировался не только Кремль, но и сам город — столица огромного государства. На протяжении XVI в. пришлось строить еще три кольца укреплений: в 1530-е гг. посад окружила стена Китай-города, в 1580-е гг. Федор Конь построил стену Белого города (территория нынешнего Бульварного кольца), а в 1591–1592 гг. была возведена 15-километровая деревянная стена, проходившая по линии современного Садового кольца. Изменения в вооружении, появление огнестрельного оружия поставило новые задачи перед создателями оборонительных сооружений. Стали возводиться гораздо более мощные каменные стены с башнями, бойницами и дозорными вышками.
Были построены мощные укрепления в Ивангороде, Нижнем Новгороде, Туле, Коломне, Зарайске, Серпухове. Подверглись перестройке укрепления многих монастырей, в том числе Троице-Сергиева, Симонова, Пафнутьева Боровского, Соловецкого, Кирилло-Белозерского и др. Образцом русского крепостного зодчества является построенный Федором Конем Смоленский кремль.
