Далее контракт на F-105 стал объектом просто сбивающего с толку числа изменений количества заказанных машин. Этот "процесс" начался в декабре 1953 года, когда ВВС приостановили выполнение проекта. Правда, после короткой задержки в феврале 1954 года проект был возобновлен, но число самолетов первой партии было сокращено до 15. Еще одно резкое сокращение последовало в сентябре 1954 года, когда в контракте осталось только три самолета, но в следующем году количество самолетов было удвоено, а в феврале 1955 года вновь увеличилось до 15. Все из них предназначались для программы испытаний. Хотя вина за такое положение в определенной мере лежала и на компании, главным виновником дорогостоящих задержек были сами американские ВВС, которые похоже просто не знали, что им нужно, и являлся ли проект "Рипаблик" стоящим для них делом.
Другим доказательством неопределенности, окружавшей истребитель "Рипаблик", был весьма своеобразный концептуальный подход к нему весьма похожий на запрягание лошади позади телеги. Требования к новому истребителю (Основные операционные требования) появились только в декабре 1954 года или больше чем через два года после официального санкционирования работ. Даже после этого неопределенность вновь проявилось в том, что сильно возросшие требования GOR-49 трижды менялись между декабрем 1954 года и апрелем 1955 года. В частности требовалось, чтобы F-105 был оснащен системой дозаправки топливом в полете, сложной системой управления огнем, а его летные характеристики должны были быть улучшены установкой более мощного двигателя "Пратт & Уитни" J75 вместо первоначально запланированного "Эллисона" J71, который так и не появился к заданному сроку. Правда, два опытных YF-105A были оснащены менее мощными J57 в качестве временной меры, позволившей начать летные испытания, а J75 впервые появился на YF-105B и стал основным для всех последующих "Сандерчифов".
Несмотря на описанные выше колебания, к началу 1955 года проект F-105 начал обретать плоть и кровь. Контракт на 15 машин охватывал выпуск двух YF-105A, четырех YF-105B, шести F-105B и трех RF-105B. Все они в основном предназначались для программы испытаний, которая началась 22 октября 1955 года полетом первого YF-105A (54-0098) в испытательном центре Эдвардс, Калифорния. Полет выполнил главный летчик-испытатель фирмы Рассел Рос – "Расти". В течение 45-минутного полета "Сандер- чиф" превысил скорость звука. Этот самолет в последствии был поврежден при посадке, но проведенные летные испытания позволили выявить недостаточные летные характеристики на максимальных скоростях. Полеты возобновились с 28 января 1956 года на втором YF-105A, имевшем еще небольшой киль, воздухозаборники по типу F-84F с прямой передней кромкой и фюзеляж без использования правила площадей.
