На базе исходного бомбардировщика "86" ОКБ подготовило проекты его модификаций в самолет-разведчик "86Р" и торпедоносец-миноносец "86Т". Одновременно шло проектирование варианта "86" под двигатели ТР-3 с тягой 4600 кгс, характеристики которого соответствовали варианту с АМ-02.
Один из поздних вариантов этого проекта получил обозначение самолет "87". 18 июля 1949 года ОКБ выпускает эскизный проект самолета поддвигатели ТР-3, отличавшийся в некоторых конструктивных деталях от проекта "86". Полученные в ходе проектирования самолетов "86" и "87" результаты показали, что имеется реальная возможность создать околозвуковой бомбардировщик с практической дальностью полета 5000 км.
29 августа 1949 года СССР провел испытания первой отечественной ядерной бомбы РДС-1. Для производства готовился ее серийный вариант – РДС-3. При проектировании новых дальних бомбардировщиков теперь необходимо было ориентироваться на доставку к целям именно этих боеприпасов, с учетом того, что их масса превышала 5 тонн. С подобной нагрузкой практическая дальность полета самолета "86" значительно уменьшалась, и говорить о расчетных 5000 км уже не приходилось. Кроме того, условия размещения на борту ядерного боеприпаса требовали специальных конструктивных мер по обеспечению "стабильности боеприпаса" в условиях длительного полета, а также мер по защите экипажа и конструкции самолета от воздействия поражающих факторов ядерного оружия. ВВС требовался не просто дальний бомбардировщик, способный летать в два раза быстрее Ту-4, а самолет, способный доставить советскую ядерную бомбу на дальности, доступные Ту-4.
Исследования, проведенные в ОКБ в процессе работ по самолету "86", показали, что создать полноценный скоростной дальний реактивный носитель возможно при увеличении массо-габаритных параметров самолета и тяги двигателей в 1,5-2 раза. Именно это и привело к появлению Ту-16.
В результате работы по самолету "86" прекращаются на этапе проектирования, но его многие конструктивные решения: общая компоновка фюзеляжа, состав экипажа и оборонительного вооружения используются в дальнейшем в проекте самолета Ту-16.
В плане перспективных работ в апреле 1949 года бригада проектов ОКБ подготовила проект самолета "491", представлявший собой модификацию самолета "86" с крылом увеличенной стреловидности. Как показали расчеты, при угле стреловидности крыла 35-36 градусов запас тяги двигателей АМ-02 или ТР-3 также не мог быть полностью реализован, поэтому предложили установить на самолет крыло со стреловидностью 45 градусов. Установка нового крыла позволяла поднять расчетную скорость до 1085 км/ч, при сохранении практической дальности полета на уровне 5000 км.
