В Архиве Управления Федеральной службы безопасности Российской Федерации по Санкт-Петербургу и Ленинградской области (АУФСБ СПб.) удалось изучить несколько дел арестованных в 1941–1945 гг. православных священнослужителей (фонд архивно-следственных дел). Только в блокадном Ленинграде за конец 1941 — начало 1943 г. органами безопасности было выявлено и уничтожено 8 тайных религиозных групп. А с 1944 г. начались аресты священников, служивших в период германской оккупации. В следственных делах помимо показаний арестованных и обвинительных заключений государственных органов содержатся «вещественные доказательства» — конфискованные при аресте письма, дневники, различные документы и т. п., что придает им особенную ценность.
По составу материалов ко второй группе можно отнести и бывший архив радиостанции «Свобода» в Мюнхене, ныне находящийся в Будапеште Открытый общественный архив (Open Society Archives — OSA). В нем в основном собраны материалы, касающиеся политики (в том числе религиозной) советских органов власти, соответствующие вырезки из газет, журналов и т. п. (фонд 300, субфонд 80, серия 1, бокс 34, 724, 727, 733). Но также имеются и персональные дела наиболее значительных архиереев Московской Патриархии — патриархов Алексия, Пимена и других (фонд 300, субфонд 80, серия 7, бокс 9, 217).
Заключительную группу составляют церковные архивы, в первую очередь синодальный архив РПЦЗ в Нью-Йорке (CA). Из состава его документов были изучены пять дел: переписка между председателем Синода митр. Анастасием и возглавлявшим Германскую епархию епископом Серафимом 1938–1939 гг. (д. 24/42), материалы об организации в этой епархии второго викариатства в 1942 г. (дело об учреждении в Германской епархии 2-го викариатства), переписка митр. Анастасия с различными гражданскими и церковными инстанциями в период оккупации Югославии 1941–1944 гг. (д. 15/41), заявления православного духовенства, желающего выехать в Россию, письма об отправке духовной литературы и церковной утвари на занятые восточные территории 1941–1942 гг. (д. 17/41) и различные документы русских общин в Венгрии 1941–1942 гг. (д. 18/41). Большой интерес, в частности, представляют три письма митр. Анастасия и Архиерейского Синода германским ведомствам с проектами организации Высшей церковной власти в России в октябре 1941 — июне 1942 гг.
Эти материалы дополняет архив Германской епархии РПЦЗ в Мюнхене (АГЕ). Здесь хранятся три дела по истории мюнхенской общины 1929–1945 гг.; очень информативно-содержательная книга постановлений 1934–1948 гг. Духовного Собора русского монастыря преподобного Иова, который почти до конца войны находился в Словакии и вел большую издательско-миссионерскую работу. Следует отметить и дело «Указы Архиерейского Синода РПЦЗ. Распоряжения Патриархии. 1923–1951», в котором собраны предвоенные письма, циркуляры Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского) 1940–1941 гг., а также различные материалы по истории Православной Церкви в оккупированной нацистами Белоруссии.
