Остальные российские архивы, в которых работал автор, хранят в основном документы советских и партийных органов власти. Так, в Российском центре хранения и изучения документов новейшей истории (РЦХИДНИ) исследовался фонд Центрального комитета ВКП(б) — КПСС за 1939–1945 гг. (ф. 17). Среди выявленных материалов находятся секретные материалы ЦК; постановления Секретариата и Политбюро ЦК; документы управления пропаганды и агитации, рассказывающие об организации контроля за деятельностью религиозных объединений, о роли партийных комитетов в проведении этой работы, сборе секретной информации о религиозной ситуации в стране, в том числе на оккупированной территории; германские трофейные документы, содержащие данные о нацистской церковной политике.
В Государственном архиве Российской Федерации (ГАРФ) были изучены три фонда, и прежде всего Совета по делам Русской православной церкви (ф. 6991). Именно этот орган с осени 1943 г. контролировал деятельность Московской Патриархии и во многом управлял ею. В фонде содержатся: протоколы заседаний Совета и Священного Синода, переписка с Патриархом, записи бесед церковных иерархов с работниками Совета, докладные записки в ЦК ВКП(б) (в том числе о религиозной ситуации на освобожденной от германских войск территории СССР), инструкции, аналитические обзоры, документы о международной деятельности Московской Патриархии. Ряд историко-церковных материалов хранится в особой папке И.В. Сталина (ф. Р-9401с), например о насильственном переселении в июле 1944 г. 1673 «истинно-православных» христиан из центральных областей России в Сибирь и на Алтай. Особую группу церковных по происхождению документов составляет обширный фонд Синода РПЦЗ за 1919–1941 гг. (ф. 6343). В свое время в 1941 г. эти материалы были конфискованы в белградском гестапо, перевезены в Германию и в конце концов доставшись советским войскам, оказались в Москве. Внимание автора привлекли протоколы заседаний, указы и постановления Архиерейских Синода и Собора 1933–1941 гг., касающиеся взаимоотношений РПЦЗ с нацистскими ведомствами и жизни православной Германской епархии.
В Центральном государственном архиве Санкт-Петербурга (ЦГА СПб.), ведущим научным сотрудником которого является автор настоящей работы, содержатся в основном материалы государственных учреждений, регулировавших деятельность религиозных организаций на Северо-Западе России. История Ленинградской епархии Московской Патриархии (в том числе деятельность Псковской православной миссии в период оккупации) в первые годы войны отражена в фондах Ленгорисполкома (ф. 7384), Леноблисполкома (ф. 7179) и некоторых райисполкомов, а на заключительном этапе боевых действий 1944–1945 гг. в фонде Ленинградского уполномоченного Совета по делам Русской Православной Церкви (ф. 9324). Имеются в ЦГА СПб. и несколько фондов германских трофейных документов военной администрации на Северо-Западе России, которые содержат сведения о нацистской церковной политике — прежде всего коллекция документов немецких оккупационных властей (ф. 3355).
