Шумахер и здесь внешне занял безупречную позицию. Бернулли, которого он поддерживал, оказался правым по научному существу полемики. Бюльфингер (несмотря на то, что был физиком с европейским именем, основателем физического кабинета Петербургской Академии наук) получил в Петербурге профессуру по кафедре логики, метафизики и морали: формально его мнением по поводу диссертаций Бернулли можно было пренебречь. При таком подходе на авансцену выступало то, что Шумахер в письме к Блюментросту назвал «яростью г. Бюльфингера». Причем Бюльфингер уже не считал нужным сдерживать свою ярость. Много было сказано им резкого, просто несправедливого в адрес Д. Бернулли, что, конечно же, невыгодно характеризует в наших глазах тюбингенского физика и философа. Была создана специальная комиссия по разбору конфликта между Бюльфингером и Бернулли. Президент из Москвы пишет Шумахеру письма с указаниями изыскать средства к примирению враждующих. Бернулли к нему же обращается за защитой и сочувствием: «Боже мой, к каким крайностям вынуждают меня. Обвиняют меня прямо в ложных выводах, и это обвинение делает г. Бюльфингер. Еще более: он меня выдает за преступника, сообщая сведения de vita et morîbus meis2. Я могу только оплакивать мое несчастье... Конечно, наши усилия совершенно различны: г. Бюльфингер старается лишь уничтожить меня, а я хочу только доказать мою невиновность, не желая ему ни малейшего зла... Он хочет уничтожить мою известность, а между тем не в состоянии доказать ни одного ложного вывода, и мне легко обличить и опровергнуть его вздорное злоречие...»
Распря между Бернулли, с одной стороны, и Бюльфингером и Германом, с другой, завершилась уходом последних из Академии. Но вот что интересно: как только Бюльфингер в 1731 году вернулся в Тюбинген, он написал Бернулли дружеское письмо и получил от него доброжелательный ответ. Кроме того, Бюльфингер произнес перед тюбингенцами публичную речь «О достопримечательностях города Петербурга», в которой с уважением и благодарностью говорил об Академии и в особенности хвалил академических инструментальщиков: «Искуснейшие вещи делаются в Петербурге... трудно отыскать искусство, в котором я не мог бы назвать двух или трех отличнейших мастеров».
Впрочем, эти «отличнейшие мастера» чеканки, гравирования, шлифовки стекол (в основном русские люди) все более трудились над выполнением частных заказов, нежели над изготовлением инструментов и приборов, необходимых для научных исследований. Шумахер рассматривал эти заказы как необходимую часть работы академических мастерских. Придет время, и бывший токарь Петра I Андрей Константинович Нартов (1694–1756), который с 1736 года станет заведовать мастерскими, предъявит бывшему библиотекарю императора целый ряд тяжелых обвинений как в этом пункте, так и в связи с другими злоупотреблениями. Пока же все для Шумахера складывалось удачно.
