Впрочем, Шумахер предпочитал выступать (и так часто выступал) не жертвой, а орудием, даже творцом злого рока. Сам не занимаясь наукой, он, однако, прекрасно знал психологию ученых и делал верную ставку на их непрактичность. Профессора почти полностью оказались в цепких руках его, ибо, по точной позднейшей характеристике Ломоносова, «приобыкли быть всегда при науках и, не навыкнув разносить по знатным домам поклонов, не могли сыскать себе защищения». Искушенные в латыни, но не искушенные в интригах, ученые мужи окрестили Шумахера flagellum professorum (бич профессоров) и дальше прошений об отставке либо случайных жалоб на него не шли.
Съехавшиеся в Петербург из разных стран Европы ученые представляли различные научные школы. Кроме того, в большинстве они были ярко индивидуальны в своем научном творчестве. Острая научная полемика, развернувшаяся в стенах Петербургской Академии уже с первых дней ее существования, была неизбежна. Шумахер эту борьбу идей умело превращал в борьбу самолюбий, которая уже сама собою зачастую оборачивалась личной враждой, а то и вульгарной склокой. Этот уровень полемики был близок Шумахеру. Здесь он чувствовал себя в своей стихии и был всемогущ. Понимая, что де-юре Академическая канцелярия — это всего лишь административно-хозяйственный орган, Шумахер максимально использовал любую, как мы теперь говорим, «конфликтную ситуацию» для того, чтобы утвердить свое тотальное влияние в Академии де-факто. При этом он, как точно указывал впоследствии Ломоносов, «в таковых распрях стоял за молодших, затем чтоб ими старших унизить, а молодших поднять». Он и его люди намеренно становились «таковых ссор причиною, чтобы ловить в мутной воде».
Глубокая аморальность «таковых распрей» и «таковых ссор» заключалась в том, что их участники видели в Шумахере (который чаще всего и провоцировал столкновения) третейского судью и обращались к нему за непредвзятым и строгим разбором. Он же придавал спорам (в основе которых изначально лежали научные разногласия) откровенно скандальное направление.
Так, например, острая полемика по теоретическим вопросам механики, которую вели с Д. Бернулли Бюльфингер и Герман, уже в самом начале (зимой 1725/26 года) сопровождалась резкими вспышками, озарявшими не только глубину затронутых научных проблем, но и непримиримость темпераментов. Впрочем, выпады друг против друга на этом этапе полемики были связаны с существом затронутых вопросов, а не с личной неприязнью оппонентов. Но вскоре именно вненаучные мотивы возобладали. Бюльфингер и Герман, видя, что Шумахер поддерживает Д. Бернулли, перенесли свою нелюбовь к советнику Академической канцелярии и на его подопечного. Пятидесятилетний Герман, человек уравновешенный, пользовавшийся всеобщим авторитетом (professor primarius — называли его с уважением), к тому же земляк Д. Бернулли и дальний родственник Эйлера, который, как мы помним, был близким другом автора «Гидродинамики», — даже он в ходе полемики на заседаниях Конференции Академии наук спорил с Д. Бернулли так ожесточенно, что президенту Блюментросту приходилось вмешиваться и успокаивать «первого профессора». Что же касается Бюльфингера, которому едва исполнилось тридцать пять, то о нем Шумахер в связи с развернувшейся полемикой писал в августе 1729 года Блюментросту: «...приказывайте, милостивый государь, что вам угодно, я буду повиноваться, но, ради Господа и во имя спокойствия общества, не предоставляйте нас ярости г. Бюльфингера».
