Тяжелое положение сложилось в ту пору в русском военно-морском флоте. Парусный флот, достигнув совершенства, исчерпал себя. Передовые моряки Россия еще в первой половине XIX века понимали необходимость перехода к паровому флоту. Так, уже в 1838 году по инициативе адмирала Лазарева был построен железный пароход «Инкерман» – первый в русском флоте. Однако экономическая отсталость страны, а главное – косность правящей бюрократии тормозили техническое перевооружение военно-морских сил России. По окончании Крымской войны в составе русского военного флота имелся только один паровой линейный корабль да еще несколько мелких судов. С этими ничтожными силами невозможно было обеспечить оборону морских рубежей государства. В 60-х годах создание современного боевого флота пошло более быстрыми темпами, появились первые броненосные корабли. К 1865 году на Балтике число таких кораблей достигло 14 единиц различных классов. И все же это было еще только началом дела.
В 1858 году, вскоре после своей новой женитьбы, Макаров-старший получил назначение в Сибирскую военную флотилию. Из Николаева, с теплых черноморских берегов семья должна была переехать в далекий, совсем тогда еще не обжитый Николаевск-на-Амуре. Город этот, поставленный в устье великой русской реки, был основан совсем недавно. 1 августа 1850 года капитан-лейтенант Геннадий Иванович Невельской собственноручно поднял здесь русский флаг. Впоследствии Невельской стал знаменитым адмиралом, а маленькое военное поселение быстро превратилось в оживленный порт, морскую базу на Дальнем Востоке.
Путь Макаровым предстоял неблизкий. Дом на Католической улице пришлось продать. Небогатое имущество погрузили в сани. Сперва семейство через Орел и Тулу перебралось в Москву. Отсюда Иосиф Федорович с тремя сыновьями отправился в Петербург, чтобы попытаться устроить их в столичные морские училища. Это удалось только в отношении старшего – Ивана, а Яков и Степан определены были во вновь открытое училище на Амуре. Началось пятимесячное путешествие Макаровых через всю Россию на Дальний Восток.
Итак, девятилетний Макаров совершил путешествие, которое и по нынешним временам кажется огромным. Шутка ли: от Черного до Балтийского моря, а потом аж к Тихому океану! Ехать пришлось и по железной дороге, и на речном пароходе от Казани до Перми, и в большой лодке по Амуру, а главное – на почтовых, в санях и в кибитке. Чего только не повидал в пути маленький Макаров! Вся бескрайняя страна прошла перед ним, как бы говоря ему в самом начале жизни: смотри, где ты родился, чувствуй, как велика и разнообразна твоя родина, сколько в ней нетронутых богатств! В августе семейство наконец благополучно прибыло в Николаевск-на-Амуре.
