В 1076—1077 годах в Багдаде находился и выступал с проповедями известный в то время ашарит аль-Кушайри, которому оказывал покровительство Низам аль-Мульк. Ханбалитские факихи всячески пытались сорвать проповеди аль-Кушайри, призывавшего христиан и иудеев к обращению в ислам. После одной такой проповеди в низамийя, когда состоялась церемония по случаю обращения в ислам нескольких иудеев, возбужденные толпы сторонников ханбалитов с воплями: «Это — ислам вероломства и подкупа!» — принялись громить медресе.
В потасовке, длившейся несколько дней, был убит один шафиит, и тогда шафииты стали поносить «ханбалитского» багдадского халифа. На требования ханбалитов Багдада прекратить публичное преподавание ашаризма Низам аль-Мульк ответил следующим образом: «Политика султана и требования справедливости требуют, чтобы мы не склонялись в пользу одного мазхаба за счет других. Наша цель — укрепить ортодоксальную веру и сунну, а не разжигать сектантскую борьбу. Мы построили это медресе (то есть низамийя) только для защиты ученых и в общественных интересах, а не для того, чтобы вызывать противоречия и разлад».
Арабский историк Макдиси перечисляет большой список ханифитских, ханбалитских медресе и подчеркивает, что медресе, построенная вокруг гробницы имама Абу Ханифы, без сомнения, была такой же по важности, как и низамийя.
Создание конкурирующих медресе стало и важным элементом усиливавшейся внутриполитической борьбы в сельджукском государстве. Например, в 1087—1089 годах основной политический противник великого визиря Тадж аль-Мульк основал собственное медресе в Багдаде — таджийя.
Неизвестно, преподавал ли Омар Хайям в низамийя в Исфахане. В принципе, учитывая особые отношения между ним и визирем, можно предположить, что он читал лекции по математике и астрономии, но вряд ли теологические пауки, учитывая его отрицательное отношение к мутакаллимам и его значительные разногласия с ними. В определенной степени эти разногласия всплывут на поверхность в его философских трактатах 80-х годов.
Интеллектуальная ситуация в сельджукидском государстве стала обостряться и в связи с резкой активизацией деятельности исмаилитских проповедников (да'и). Отчасти это было связано с тем, что фатимидские халифы, потерпев военно-политические поражения в Сирии и Палестине от сельджуков, активизировали свои усилия по подрыву своего злейшего врага изнутри.
70-е и 80-е годы XI века можно охарактеризовать как период накопления сил исмаилитов, период медленного распространения ереси по всей территории государства Сельджукидов. Этот период закончился восстанием, получившим в истории название да'ват-и джадида
