Султаны сунны Алп-Арслан и Малик-шах подчеркнуто оказывали почет могилам шиитских имамов. Малик-шах молился, например, в святынях Кума, Неджефа и Кербелы.
Однако подспудно ортодоксы не желали мириться с ролью «одного из равных» и готовились к открытой схватке, поджидая удобного стечения социальных и политических обстоятельств.
О росте религиозно-идеологической и политической напряженности в стране в этот период говорят некоторые любопытные факты. Еще со второй половины X века на территории Ирана и Мавераннахра началось интенсивное строительство суннитских высших учебных заведений — медресе. Это было своего рода ответом на вызов мутазилитов с одной стороны, а с другой — попытка противопоставить что-то расширяющейся сети фатимидских заведений по подготовке исмаилитских проповедников. Низам аль-Мульк созданию и укреплению положения этих медресе (названных в его честь низамийя) стал уделять еще большее внимание.
Низамийя, в которых обучались и светским и духовным наукам, появились в каждом крупном городе Ирака и Ирана. Причем особо крупными и известными были такие медресе в Багдаде, Нишапуре, Балхе, Герате, Мерве, Исфахане, Басре и Мосуле. Визирь лично назначал подходящих ученых преподавать в своих низамийя. В 1091 году, например, он послал из Хорасана для преподавания в Багдад, где находилось самое крупное медресе, тридцатитрехлетнего, уже известного в то время философа и теолога Абу Хамида аль-Газали, с которым неоднократно позднее встречался Омар Хайям. Порой Низам аль-Мульк сам читал лекции студентам. Обучение в низамийя было бесплатным, и более того, студенты получали своего рода щедрые стипендии.
Низам аль-Мульк, как предусмотрительный политик, преследовал и другие цели, помимо вышеупомянутых, открывая свои медресе. Он создавал сеть этих учреждений по всей стране, лично зависящих от него как своего рода личные опорные пункты. Для осуществления административной политики великого визиря сельджукской империи требовались обученные и преданные кадры, которые и готовились в низамийя. Кроме того, эти медресе нужны были визирю для расширения своего шафиитского толка и ашаритского калама в стране.
Однако даже поддержка Низам аль-Мулька отнюдь не гарантировала их повсеместного признания, особенно вне Хорасана. В Багдаде и западных провинциях сельджукской империи калам по-прежнему предавался анафеме в ортодоксальных ханифитских и ханбалитских кругах. Очень часто самому великому визирю приходилось обороняться, причем порой довольно специфическими способами, скрывая свои цели.
