После того как Сикорский удержался на посту Верховного Главнокомандующего и премьера, Кот начал играть роль его преданного и верного друга, что отнюдь не помешало ему открыто поддерживать офицеров старого режима, устраивая их на ответственные должности в штабе Сикорского. В результате этого санация стала настойчиво «протискиваться» в штаб, захватывая в свои руки один важнейший пост за другим. В штаб попали такие люди, как бывший офицер для поручений у Рыдз-Смиглы, полковник Глябиш, получивший должность начальника 1-го отдела (организационного), генерал Глуховский, который до 1939 года являлся вице-министром по военным делам, и ряд других. Приобрел большой вес также полковник Климецкий, получивший звание генерала за свое выступление перед президентом в защиту Сикорского. Такое повышение вызвало недовольство в армии. Впрочем, все участники событий, выступавшие перед президентом против министра Залесского, были повышены в званиях.
В результате всей этой истории, как это обычно бывает, одни пострадали, а другие получили высокие назначения.
Епископ Гавлина, который слишком демонстративно защищал санацию, оказался в состоянии конфликта с Сикорским, в результате чего его удалили из новой Рады Народовой. Однако он сумел при поддержке Кукеля и министра Кота сохранить за собой должность епископа полевых польских войск. Все же он был вынужден как верховный пастырь изменить тон и суждения, ибо ему начали напоминать о том периоде деятельности в Польше, когда он провел среди ксендзов генеральную чистку. Епископ немного притих. В то же время Богуш-Шишко, которого должны были судить за служебные злоупотребления и подделку приказов, не только вышел сухим из воды, но и добился расположения самого Сикорского, которому в этот период оказал большую услугу. Верховный Главнокомандующий, желая поддержать свой авторитет и престиж в армии, а также наказать тех, кто наиболее резко выступал против него, отдал под суд военного трибунала генерала Домб-Бернацкого за попытку вызвать мятеж в армии. Но чтобы иметь возможность разжаловать и осудить Домб-Бернацкого, Сикорскому предстояло подобрать преданных судей и заседателей.
Поэтому он вызвал к себе Богуша и сказал примерно так (передаю в соответствии с рассказом самого Богуша): «Против вас имеется дело, господин генерал, дело очень серьезное, но если вы на суде как один из заседателей добьетесь разжалования и тюремного заключения Домба, то я забуду о вашем деле». Богуш этому страшно обрадовался и, конечно, на все согласился. Вошел в состав суда заседателем и с порученным заданием справился как нельзя лучше. Домб-Бернацкий был разжалован и приговорен к двухлетнему заключению.
