В 1754 году членом Петербургской Академии наук становится Карл Линней. К этому времени его опубликованные ботанико-философские труды — «Философия ботаники» (1751) и «Виды растений» (1753) — произвели переворот в систематике растительного мира. С этого времени начался новый отсчёт времени. Гмелин за ним не успевал. Он был последователем Джона Рея (1628–1705), который первый разделил растения на тайнобрачные (споровые) и явнобрачные (цветковые). Последние он разделил на однодольные и двудольные по количеству семядолей с семени. Это была прогрессивная система живых организмов, из которой впоследствии родилась естественная система Б. Жюсье (1699–1776). Названия растениям Гмелин давал не бинарные: род и вид, как Линней, а полиномные. Но Гмелин и не мог знать новых принципов бинарной номенклатуры. Эти идеи в систематике растений появились, когда он путешествовал по Сибири. Он остался на устаревших позициях систематики, ещё прогрессивных каких-то 10–15 лет назад.
Линней был знаком с великим сибирским гербарием Гмелина. Не исключено, что он знакомился с растениями, получая их непосредственно от промышленников Демидовых: три брата — Григорий, Павел и Пётр — были его учениками. Но это уже другая ниточка, которая вплелась случайно, и тем не менее в чём0то определила развитие сибирской ботаники. Другой его русский ученик — А.М. Карамышев (1744–1791) — приводит 118 растений сибирской флоры, растущих в ботаническом саду Линнея.
Несмотря на идейные расхождения, К. Линней и И. Гмелин находились в постоянной переписке и в каждом письме заверяли друг друга во взаимной дружбе и уважении. В одном из писем 1744 года Линней писал Гмелину, что тот открыл столько растений, сколько другие ботаники открыли их вместе. Всего известно 16 писем Линнея к Гмелину. Текст этих писем показывает, что Линней очень высоко ценил ботанические знания Гмелина. В них он обсуждал с ним вопросы систематики и даже эволюции растений. В одном из писем он пишет следующее: «Долго читал этой ночью твоё сибирское путешествие. Никто больше не достоин в ботанике, чем ты, проведший среди варваров десять лет из-за флоры».
Академик Рупрехт на годичном собрании Академии даёт превосходную характеристику трудов Иоганна Георга Гмелина: «...крайности холода и зноя, которые в состоянии переносить человек и животные, и которые далеко превышали назначенные Бургавом меру, понижение изотермических линий к востоку, никогда не оттаивающая почва в Якутии и на Аргуне, распространение чернозема в Сибири, понижение Каспийского моря, барометрические описания высот, и ещё много других наблюдений и открытий отчасти были впервые отмечены Гмелином. Но здесь мы ограничимся только оценкою единственного ботанического труда Гмелина, его сибирской флоры. Это поистенну классическое творение заключает в себе 1178 растений с приложением 300 чертежей... В его Flora Sibirica мы видим первые шаткие попытки растительности Сибири, основанной на обширной наглядности: граница обыкновенных европейских растений отодвинута до Енисея и уже подмечено сходство азиатских и американских пород...
