Историография последующих четырех веков, основываясь на легендах, вымыслах и литературных памфлетах, приписывала и до сих пор приписывает Годунову организацию убийства малолетнего царевича Дмитрия в мае 1591 года в городе Угличе. Причем совершенно игнорируются материалы, собранные следственной комиссией, возглавляемой будущим царем Василием Ивановичем Шуйским, а его вряд ли можно считать клевретом правителя — не надо забывать о репрессиях, примененных к членам его семьи за три года до описываемых событий. Так вот в тех материалах, основанных на показаниях очевидцев, совершенно определенно делается вывод о том, что с царевичем, игравшим на улице «в тычку», произошел эпилептический приступ и он, падая, непроизвольно напоролся на нож, который был у него в руках. Иначе, как несчастным случаем, это происшествие назвать трудно. Но уже тогда общественное мнение россиян было настроено таким образом: если в государстве происходит что-то хорошее, то это благодаря молитвам царя Федора, а если случается какое-то несчастье, то это не иначе как происки Годунова. «Все щедроты и благодеяния правителя, — говорит Н. И. Костомаров, — толковались в дурную сторону, а злые языки беспрестанно приписывали ему новые злодеяния». Молва обвиняла Бориса в смерти Грозного, царевны Феодосии — его племянницы, королевны Евфимии — дочери Марии Старицкой, а также в смерти жениха его же собственной дочери — Иоанна, брата датского короля. Ему ставили в вину потерю зрения Симеона Бекбулатовича и нашествие на Москву крымского хана в 1591 году. И тут же мы видим, что учреждение в Москве патриаршего престола расценивалось его противниками как подкуп духовенства, а помощь погорельцам — как популизм. Личный выезд на место строительства Смоленского кремля рассматривается как желание покрасоваться перед народом, а оказание продовольственной помощи голодающему населению — как бессознательное пособничество эпидемиям и разгулу преступности в городах. Освобождение от налогов и выдача наградных денег служилым дворянам подается как развращение и попустительство.
А все из-за того, что Годунов возвысился не «по месту» и не «по отечеству». Практически все члены Боярской думы по своему происхождению были потомками владетельных князей, а потому подчинение наследнику малозначительного татарского выкреста они считали «за бесчестие», каким бы умным он ни являлся. Ум, как критерий оценки способностей соискателя государственных постов, в расчет тогда не принимался. Вот и смерть Дмитрия поставили ему в вину. Помимо всего прочего, не нужно сбрасывать со счетов и то обстоятельство, что история Смутного времени писалась по заказу уже новой царской династии, династии Романовых, а ей было невыгодно превозносить Бориса Федоровича. Вот и «вешали на него всех собак». Защищать же его после смерти стало некому. Людей, облагодетельствованных им, было много, а вот благодарных — мало.
