Все это вызывало раздражение других членов Боярской думы, оказавшихся в полной зависимости от всесильного правителя. На этой почве назревал новый заговор. Душой и мозговым центром антигодуновской оппозиции стало семейство Шуйских, которых активно поддерживали посадские московские люди, недовольные протекционистскими действиями Бориса по отношению к английским купцам. Это не укрылось от всевидящего ока шпионов и доброжелателей Годунова, и он начал кампанию по вытеснению своих недругов из царского окружения. Попытка митрополита Дионисия примирить враждующие стороны не только не принесла успеха, а, наоборот, спровоцировала Годунова на откровенную расправу с некоторыми из своих противников. Тогда митрополит и князья Шуйские, Урусовы, Колычевы, Быкасовы вместе с купцами и частью воинских и гражданских чиновников, желая избавиться от властолюбивого правителя, решили лишить его сестриной поддержки и «бить челом» царю Федору о том, чтобы тот развелся с Ириной Годуновой, в связи с отсутствием наследника, и взял бы себе новую жену, которая будет в состоянии родить ему здоровое потомство. Узнав о заговоре, Борис с помощью своего красноречия смог уговорить митрополита, и тот отказался от инициирования бракоразводного процесса. Со своей стороны Годунов пообещал не мстить злоумышленникам. Однако уже через короткое время по ложному обвинению в измене все замешанные в истории «лучшие люди» были взяты под стражу. И хотя суд не получил веских доказательств их вины, все они подверглись опале — кто пострижен в монахи, кто посажен в тюрьму, а семерым купцам отсекли головы на площади. Возмущенный неправосудным решением, митрополит Дионисий в присутствии царя обвинил правителя в тирании и клеветнических измышлениях, за что и поплатился — как его, так и крутицкого архиепископа Варлаама свели с кафедр и заточили по разным монастырям, а ранее сосланные князья Андрей Иванович и Иван Петрович Шуйские были задушены в своих кельях. Произошло это в 1588 году.
Итак, на пятом году правления Годунов пролил первую кровь своих политических противников. «Так начались, — говорит Н. М. Карамзин, — злодейства; так обнаружилось сердце Годунова, упоенное прелестями владычества, раздраженное кознями врагов, ожесточенное местью!» Тем не менее именно с этого момента официальный титул Бориса стал звучать так: «Зять Великого Государя, Управитель, Слуга и Конюший, Боярин и Дворцовый воевода, Содержатель царств Казанского и Астраханского».
