Сначала власть захватили Шуйские. Они взяли под стражу князя Ивана Федоровича Бельского, брата отъехавшего в Литву Семена Бельского. Его советников и подручников они отправили в ссылку по деревням, а дьяка Мишурина без государева приказания предали смертной казни. Во главе семейного клана Шуйских стоял в то время князь Василий Васильевич — последний воевода вольного Великого Новгорода, опытнейший военачальник, который, стремясь закрепиться у трона, а может быть, и надеясь получить его если не для себя, то для своих наследников, будучи в достаточно преклонных годах, женится на юной двоюродной сестре Ивана IV — Анастасии, дочери крещеного татарского царевича Петра и сестры Василия III — Евдокии. Но семейное счастье их было недолгим и бесплодным. Василий вскоре умирает, власть же переходит к его брату Ивану, и тот идет еще дальше в борьбе со своими противниками. Он добивается смещения с митрополичьего престола Даниила, сторонника Бельского, и возведения на освободившееся место последователя нестяжателей — игумена Троице-Сергиева монастыря Иоасафа (февраль 1539 г.), который, однако, недолго остается его союзником. За спиной у Шуйских он выхлопотал у великого князя освобождение Ивана Бельского (июль 1540 г.), что явилось для них полной неожиданностью, в связи с чем князь Иван Шуйский, как тогда говорили, в сердцах перестал ездить к государю и в Боярскую думу.
Власть на короткое время переходит к Бельскому и митрополиту Иоасафу, сторонникам сильной централизованной власти, благодаря которым из-под стражи освобождается семья умершего в заключении удельного князя Андрея Ивановича Старицкого — его жена Евфросинья и сын Владимир. Молодому князю возвращают отцовский удел и недвижимое имущество в Москве. Ему дозволяется видеться с великим князем и иметь свой двор, бояр и детей боярских, только двор этот состоял уже не из числа приближенных его умершего отца, а из ставленников Москвы.
В отличие от современников, Бельский по каким-то причинам не применял репрессивных мер по отношению к своим недоброжелателям, что было расценено ими как слабость и, надо полагать, ускорило конец его правлению. К январю 1542 года сторонники Шуйских составили новый заговор, в результате Иван Бельский был отстранен от власти, вновь арестован и сослан на Белоозеро, где его четыре месяца спустя и убили слуги Шуйских. Не менее решительно действовали заговорщики и в отношении митрополита: они устроили на него настоящую облавную охоту, гоняясь за Иоасафом из митрополичьих палат в покои великого князя, — захватить его удалось только на подворье Троицкого монастыря. Жизнь митрополита висела на волоске, ибо единомышленники Шуйского уже готовы были убить его. Лишь вмешательство игумена Алексея предотвратило самосуд. Иоасаф был низложен, сослан в Кирилло-Белозерский монастырь, а на его место, в угоду многочисленным новгородским участникам заговора, возвели новгородского архиепископа Макария, ставшего впоследствии одним из величайших церковных деятелей Руси.
