Похоже, уже через несколько дней после поставления в митрополиты Филипп воспользовался выговоренным правом. Дело в том, что Земский собор, выдавая деньги на продолжение войны, потребовал взамен отмены опричнины. Челобитную подписали триста человек. Все «подписанты», естественно, тут же оказались в тюрьме. Их ждала серьезная кара, но, благодаря вмешательству Филиппа, они отделались сравнительно легко: только два смертных приговора да пятьдесят человек, отведавших батагов. Остальные по истечении пяти дней ареста были освобождены. Правда, кое-кто из них потом как бы по служебной надобности был выслан из Москвы, тем не менее все нашли это решение беспрецедентно мягким. Было бы логично предположить, что арест трехсот участников собора и «уламывание» Филиппа взаимосвязаны между собой. Арестованные являлись как бы заложниками у царя, их судьба была в его руках, а тут поставлением Филиппа решалось сразу несколько проблем: церковь получает достойнейшего митрополита, земство «скидывается» на войну, митрополит с первых своих шагов получает ореол защитника страждущих, а над всем этим витает грозный самодержец.
Целый год между Иваном Грозным и митрополитом царили мир и согласие, пока не возникла угроза обострения русско-литовских отношений. Король знал, что царь готовит новое наступление, поэтому решил ослабить русское войско. Многие бояре и дворяне стали получать от короля и его вельмож письма с предложением оставить царскую службу и отъехать в Литву. Кто-то об этих грамотах доложил Ивану Васильевичу, а кто-то нет. Но уже одно только получение подобных писем накладывало тень подозрения на адресата: «Если получил такое предложение, значит, дал повод надеяться, что можешь изменить». Началось следствие, однако розыск не дал убедительных доказательств измены бояр, поэтому царь решил реализовать решение Земского собора и провести крупномасштабную операцию в Ливонии. В начале ноября 1567 года Иван Васильевич с войском стоял на ливонской границе, намереваясь овладеть Ригой и Вильной, но что-то заставило его спешно покинуть военный лагерь и возвратиться в Москву. Московская версия — плохая погода, бездорожье, отставание артиллерии; западная версия — раскрытие нового боярского заговора. Якобы бояре сговорились схватить Ивана Грозного и передать его польскому королю, спешившему со своим войском им навстречу. Источники даже указывают, что царским доносчиком оказался не кто другой, как сам Владимир Андреевич Старицкий, в пользу которого этот заговор и составлялся.
