При появлении опричников улицы, присутственные места обезлюдевали, дома закрывались. Земские старались не вступать с этими «кромешниками» в какие-либо отношения — ведь опричники, словно имея «лицензию на убийство», не признавали ни законов, ни правил делового оборота. Не было на них управы и в судах, получивших царское повеление: «судите праведно, чтобы наши не пострадали». Под опричнину попал и удел князя Владимира Старицкого. Царь отписал его на себя, дав тому взамен другие города и волости, с которыми у опального князя не было ни взаимного тяготения, ни освященных временем взаимных обязательств. После такой «рокировки» Владимир Андреевич, окруженный тайными шпионами и откровенными недоброжелателями, оказался в полной зависимости от своего двоюродного брата.
Успокоенный и умиротворенный этими злодеяниями, Иван Грозный на время (1566–1567 гг.) обуздал свои кровавые аппетиты. Это было связано не только с «усталостью» царя, а в большей степени с благотворным влиянием церковных иерархов, которые хоть и действовали по-разному, но в одном направлении. После смерти Макария митрополичий престол занимал Афанасий — усердный молитвенник, но безвольный пастырь, тем не менее осмелившийся в знак протеста против опричнины самовольно сложить с себя сан первосвященника. Правда, перед московским обществом царь попытался представить уход Афанасия «за немощью велией» или, как бы сейчас сформулировали, «по состоянию здоровья». Тем не менее это был ощутимый и болезненный удар по царскому самолюбию. На освободившееся место царь тут же выдвинул казанского архиепископа Германа. Он даже переселил его в митрополичьи палаты, которые тот через несколько дней вынужден был покинуть, так как при первом же разговоре с Иваном Васильевичем осмелился просить об отмене опричнины.
Этот церковный кризис состоялся как раз накануне Земского собора 1566 года, созывавшегося царем для того, чтобы получить земский приговор о продлении Ливонской войны. Хотя не нужно обольщаться такой «соборностью» — земство собиралось не для совета, Иван Васильевич лишь хотел принудить его раскошелиться на продолжение войны. Так вот, на этом соборе царь и углядел игумена Соловецкого монастыря Филиппа, в миру — Федора Степановича Колычева, представителя могучего боярского рода. Сначала игумен отказался от митрополии, ссылаясь на слабость своих сил. Когда же собор и царь стали настаивать на принятии сана, Филипп высказался откровеннее, потребовав восстановить целостность государства. Тут уже Иван Грозный не намерен был уступать. В итоге нашли компромисс: Филипп не вмешивается в опричнину — «домовый обиход» царя, но в качестве компенсации возвращает себе древнее право ходатайствовать перед царем за опальных. На том и порешили.
