Одиннадцатого мая Басманову и Адашеву сдалась Нарва, а 18 июля князь Петр Шуйский принудил к сдаче процветающий и сильно укрепленный Дерпт. Жителям обоих городов была предоставлена свобода выбора. За остающимися обывателями сохранялись практически все их прежние права и привилегии. Эстонские крестьяне получили часть земель, конфискованных у немецких рыцарей и монастырей. Из России наладилась поставка хлеба, семян, скота и лошадей. Эта довольно взвешенная политика, направляемая преимущественно Алексеем Адашевым и дьяком Висковатым, позволила за летнюю кампанию с минимальными потерями занять всю восточную часть Эстонии и получить долгожданный выход к морю. В Нарве оживилась международная торговля и даже была предпринята попытка создания собственного флота.
Всю зиму 1558/59 года русские отряды совершали регулярные рейды в северную часть Латвии, доходя до окрестностей Риги и приводя в отчаяние ливонское правительство, тщетно ожидавшее помощи со стороны польского короля и германского императора. И все же к лету при посредничестве датского короля Фридриха II орден смог заключить с Москвой перемирие на шесть месяцев. Это решение, лежавшее в русле миролюбивой политики, проводимой Алексеем Адашевым, было с большой неохотой санкционировано самим Иваном IV. И царь, как показали последующие события, был прав. Воспользовавшись этой передышкой, магистр Ливонского ордена Готард Кетлер вступил в переговоры с Сигизмундом-Августом, и результатом их стало соглашение от 31 августа, согласно которому орден переходил под покровительство Литвы. Через две недели литовский протекторат распространился и на Ригу.
В это же время посредник в русско-ливонском соглашении о перемирии Фридрих II, пользуясь случаем, вознамерился решить за счет разваливающегося ордена и свои проблемы. Вместо того чтобы выделить брату Магнусу часть своего королевства, причитающуюся тому по завещанию, он совершил торговую сделку и купил для него за 30 тысяч талеров остров Эзель (Сааремаа).
В довершение ко всему Кетлер, воодушевленный поддержкой Августа, нарушил соглашение о перемирии и предпринял поход на Дерпт, однако вынужден был отступить, остановленный русскими войсками.
Такие последствия перемирия и такое развитие событий резко ухудшили отношение Ивана IV к Алексею Адашеву, ибо нарушались планы царя на завоевание всей Ливонии. Адашев в его глазах представлялся чуть ли не предателем, ибо своим сочувственным отношением к ливонцам он вольно или невольно, но нанес ущерб государству. Царь, вопреки советам своего недавнего фаворита, в 1560 году возобновляет военные действия против ордена. Русские войска одерживают крупную победу при Эрмесе и штурмом берут крепость Феллин. Положение рыцарей усугубляют восставшие против них латышские крестьяне.
