Победа над Казанью оказалась для молодого царя теми «медными трубами», испытания которыми он не прошел. Его, самодержавного хозяина Руси и помазанника Божьего, начала тяготить зависимость от «ближайшей рады». После победоносной войны он почувствовал себя «большим и сильным» и перестал прислушиваться к советам своих опекунов. Вместо того чтобы способствовать претворению в жизнь спланированной кампании по окончательному покорению Казанского ханства, подавляя тлеющие очаги сопротивления и приучая новых подданных к московским порядкам, он, игнорируя уговоры приближенных, не только сам не остался там, но и увел за собой львиную часть армии, возложив эту тяжелую миссию на бояр. Те же в свою очередь, видя безразличие царя к казанским делам, не торопились с принятием необходимых мер. Более того, некоторые из них открыто заявляли о невозможности удержания этого края в повиновении и осуждали сам Казанский поход за его высокую затратность. Именно инертность Боярской думы в отношении казанских дел, по мнению современников, была одной из главнейших причин того, что вскоре после поспешного ухода оттуда основных сил русских войск практически вся луговая (левобережная) часть былого Казанского ханства восстала против Москвы и понадобилось еще пять лет, чтобы привести мятежников к повиновению.
Следующим симптомом охлаждения между царем и митрополитом, возглавлявшим «команду реформаторов», стал немотивированный отказ последнего от участия в крещении царевича Дмитрия, родившегося вскоре после Казанского похода. Но основной кризис отношений наступил все-таки в марте 1553 года. Царь тяжело заболел. Речь шла о жизни и смерти. Одна часть его приближенных была охвачена горем, другая — радовалась в предвкушении грядущих перемен. Встал вопрос о наследнике и принесении присяги. Иван Васильевич потребовал, чтобы бояре присягали на верность его пятимесячному сыну Дмитрию, но тут возроптали и здравомыслящие бояре. «Мы рады повиноваться тебе и твоему сыну, — сказал один из них, — только не хотим служить Захарьиным, которые будут управлять государством именем младенца, а мы уже испытали, что значит боярское правление». Многие из них хотели видеть на царском престоле Владимира Андреевича Старицкого, показавшего себя не с худшей стороны с того момента, как Иван Васильевич снял опалу с него и с его честолюбивой матери, урожденной княгини Хованской, и приблизил их к себе. Кандидатуру Владимира поддержал и Сильвестр. О позиции митрополита Макария летописцы не упоминают. Видимо, она была также не в пользу младенца. В конце концов воля царя возобладала, и бояре, а вместе с ними и Владимир Андреевич присягнули царевичу Дмитрию.
