Нужно сказать, что к середине XVI века монастыри располагали огромными земельными владениями и имели неплохую перспективу к их приросту. Однако и государство остро нуждалось в увеличении поместного фонда, за счет которого царь наделял землей дворян, становящихся опорой его правления. Поэтому для ликвидации земельного дефицита собор, по настоянию Ивана Васильевича, постановил отобрать у монастырей все вотчины, отданные им боярами после смерти Василия III, а также возвратить дворянам те земли, что были присвоены у них монастырями под предлогом невозврата долга. Впредь же церкви разрешалось приобретать земельные угодья только с высочайшего разрешения.
Собор сделал очередную попытку ликвидировать безграмотность как среди священников, так и среди мирян, для чего постановил учредить училища, вверив их устройство наиболее подготовленным церковнослужителям, а православных христиан призвал отдавать туда своих детей для обучения грамоте, письму и церковному пению.
Во избежание распространения неканонических книг, всякого рода измышлений, ложных учений и ересей собор учредил духовную цензуру за книгопереписчиками, поручив старостам и десятским просматривать готовые книги с целью изъятия негодных с точки зрения церкви. То же самое было предпринято и в иконописи. Богомазами впредь могли стать лишь те, кто получал благословление архиерея, а иконы и церковная роспись обнародовались только после их предварительного просмотра и одобрения.
Много внимания на соборе было уделено организации монастырского общежития, быту и нравам черного духовенства. Из женских монастырей убрали всех мужчин вплоть до мужчин-настоятелей. В монастырях запретили держать «пьянственное питье», а для контроля за расходованием монастырской казны был введен обязательный отчет перед царским дворецким.
Упорядочивалась жизнь сельских церквей, уточнялись обрядовые и ритуальные процедуры, в частности был установлен минимальный возраст для вступления в брак: жениху — 15 лет, невесте — 12.
Были осуждены и запрещены азартные игры, в том числе игра в шахматы, скоморошьи и музыкальные представления, лицедейство, публичные пляски женщин, не говоря уже о языческих обрядах и «бесовских потехах».
Это то, что касалось внутренней политики, проводимой от имени царя митрополитом Макарием и правительством Сильвестра — Адашева. Но оставались еще и дела внешние. На северо-западе Руси было спокойно. Престарелый Сигизмунд, утомленный прежними войнами, и его наследник Сигизмунд-Август, более занятый своими увеселениями, не представляли какой-либо угрозы для Москвы. Ливонские рыцари, за многие годы отвыкшие от войн и переориентировавшиеся на торговлю, больше думали о материальной выгоде и покровительстве со стороны московского царя, чем об экспансии на восток. Реальную угрозу для Москвы представляли лишь Казанское и Крымское ханства, управляемые двумя братьями — Сафа— и Саип-Гиреями.
