Пока длилось строительство ставки, в Виннице и окружающих ее районах проводилась «зачистка» территории и тщательная фильтрация населения. Один за другим осуществлялись еврейские погромы. Начиная с сентября 1941 года, в г. Виннице было схвачено и расстреляно в Пятничанском лесу около 10 тысяч человек. Очередной погром 16 апреля 1942 года закончился кровавой бойней, в которой сложили головы 15 тысяч подолян. Аналогичные расстрелы осуществлялись в Хмельникском, Литинском и других районах области. Так, шеф охранной группы «Ост», криминальный советник Шмидт в январе 1942 года доложил в центр, что в соседнем с объектом селе Стрижавка проживает 227 евреев. По его мнению, они составляют большую опасность для строительства, поэтому подлежат уничтожению. 10 января этого же года все они были расстреляны.
Трагическая судьба постигла тогда почти две тысячи психически больных, которых не успели эвакуировать из психоневрологической больницы № 4. Согласно человеконенавистнической программы Гитлера «Эвтаназия» (умерщвление в случае неизлечимого заболевания) несчастных медленно отравляли, морили голодом, и в конечном итоге убивали.
Для обеспечения охранных мероприятий вокруг Винницы были созданы несколько концентрационных лагерей, где также занимались «фильтрацией» населения.
Фашистам показались подозрительными и опасными для нормального функционирования ставки целые села. Вскоре они были полностью отселены. Такая судьба постигла села Майдан-Бобрик и Брусленов, расположенные в 20 километрах от Винницы. В рапорте на имя Раттенхубера Даннер детально описывает, кто, каким способом выселял ни в чем не повинных людей из их домов. Задания выполняли СС-батарея Гофмана из Бердичева, две роты солдат из авиации, одна рота из полиции, 40 человек из штаба Геншеля и 6 человек из СД Винницы. В отмеченные села названные группы отправились в 23 часа из Калиновки. В первом часу ночи была произведена эвакуация, в три — закончена. Людям разрешили взять только самые необходимые вещи, которые они могли донести. Их загнали в закрытые грузовики и вывезли в сторону Бердичева. Между тем 15 выделенных солдат рыскали по хлевам и забирали скот. С теми, кто попробовал оказывать сопротивление, не церемонились. Их считали причастными к партизанам и расстреливали на месте. «Жестокость против населения необходима при немецкой оккупации» — подчеркивалось в упомянутом выше рапорте. На утро села были опустошены. Теперь они подлежали заселению переселенцами, в частности «фольксдойчами» из других областей.
