Дух гуманизма, занесенный в Краков Цельтесом и Буонакорзи, очень скоро привел к образованию среди преподавателей и студентов двух партий — гуманистической и схоластической. Приверженцы схоластики доказывали с пеной у рта, что чтение в подлинниках классических авторов приведет ко всякого рода ересям и даже к восстановлению язычества.
Профессора, приверженцы схоластики, резко заявляли, что служить одновременно Христу и Юпитеру невозможно, что гуманистическое направление нужно пресечь в корне. Велись по этому поводу ученые споры между маститыми профессорами на диспутах, в аудиториях; велись, несомненно, споры и между студенческой молодежью. Вражда обеих партий приводила даже к рукопашным «битвам» между студентами. Обе враждующие партии сходились обыкновенно на Братской улице и дрались жестоко.
Принимал ли участие в этих боях будущий революционер в астрономии, юный Николай Коперник? Об этом мы ничего не знаем, но если и принимал, то не на стороне схоластиков. Все данные говорят за то, что в то время Коперник был уже большим поклонником древних авторов, каким и оставался в течение всей своей жизни. Во всяком случае, эти жаркие споры, эта борьба была для Коперника очень полезной школой, в которой постепенно выковывалось его отношение к новым идеям, новое критическое направление его мышления. Быть может, как раз в годы пребывания в Кракове в голове Коперника возникло уже сомнение в истинности геоцентрической системы мира.
В 1494 году профессор Брудзевский перешел из краковского университета в виленский. Переход этот совпадает по времени с победой схоластической партии в краковском университете. Вероятно, это и было причиной отъезда Брудзевского. После победы схоластиков дела в университете пошли все хуже и хуже; изучение классиков было заброшено, сразу почувствовался упадок преподавания. Приток студентов в краковский университет сократился, и его недавно столь многолюдные аудитории стали пустовать. Возможно, что эти обстоятельства заставили и Коперника покинуть краковский университет. Скорее же причиной отъезда Коперника послужили соображения иного характера, о которых мы скажем ниже.
Отметим, что, помимо вышеупомянутых занятий, Коперник, судя по сообщению Гассенди, во время пребывания в краковском университете хорошо изучил перспективу и живопись. Он мог зарисовывать не только ландшафты, но и портреты, даже удачно нарисовал свой собственный портрет, смотрясь в зеркало.
