Надо, однако, сказать, что не одни рыцари грабили вармийских крестьян. Союзники капитула — польские войска — тоже вели себя с населением не стесняясь. Дело в том, что король Сигизмунд послал, наконец, некоторое количество войск для защиты Вармии от тевтонских рыцарей, и на границах орденских владений все время происходили жестокие стычки. Но затем король польский вынужден был для отражения нашествия крымских татар отозвать почти все свои войска обратно. И только в 1519 году, в начале декабря, Сигизмунд вступил со своей армией в пределы Пруссии. К этому времени тевтонские рыцыри уже занимали часть Вармии.
Николай Коперник в это напряженное и беспокойное время продолжал жить в Алленштейне, и только в ноябре 1519 года выехал из Алленштейнского замка и отправился во Фрауенбург. Как раз в дороге застигла его весть о том, что польский король перешел границу Пруссии. Это означало беспощадную войну с орденом, и надо было к ней готовиться.
Война между орденом и Сигизмундом тянулась почти 15 месяцев с переменным успехом. Рыцарские войска, заняв большую часть Вармии, в начале 1520 года стали подходить к Фрауенбургу. Коперник в то время был уже во Фрауенбурге; в Алленштейнском замке заменял его временно другой «администратор», каноник Иоганн Крапитц.
Находясь во Фрауенбурге, Коперник, конечно, ощущал, как и другие, всю тягость войны. Некоторые каноники и прелаты Вармийского капитула при приближении рыцарей и их жестоких кнехтов к Фрауенбургу позорно бежали: одни — в Данциг, а некоторые — подальше, в другие города Германии, спасаясь от военной грозы и неурядицы. Коперник остался во Фрауенбурге. Более того, он как раз в это тревожное время все-таки находил возможность заниматься научной работой и производил нужные ему наблюдения со своим излюбленным параллактическим инструментом и квадрантом.
Во время нападения рыцарей на Фрауенбург Коперник проявил большую энергию и распорядительность. Рыцарские войска не смогли взять города и, наконец, сняв осаду, ушли. Вообще война сравнительно мало отразилась на городах и крепостях Вармии, где отсиживались привилегированные; вся тяжесть войны пала на крестьянское население, беззащитное перед закованными в латы рыцарями.
Епископ Фабиан, как мы говорили, вел политику нейтралитета. Поэтому оба противника — и король польский, и гохмейстер ордена — считали его своим тайным врагом, и оба брали всякого рода контрибуции с Вармийской епархии.
Значительным событием во время описываемой войны было взятие войсками Альбрехта самого большого и богатого города Вармии — Браунсберга в новогоднюю ночь 1520 года. Альбрехт взял этот богатый город военной хитростью. Епископ Фабиан находился в это время в городе Эльбинге; узнав, что Браунсберг взят, он спешно выехал в Гейльсберг, свою резиденцию. Там он нашел ожидавшие его письма от великого магистра Альбрехта, приглашавшие его прибыть в Браунсберг для переговоров Епископ Фабиан сам ехать не решился, но послал для переговоров с Альбрехтом двух наиболее способных из оставшихся в Вармии каноников. Одним из этих каноников, посланных для переговоров с грозным Альбрехтом, был Николай Коперник.
