Отказаться от такой важной административной должности Коперник, повидимому, не мог. И в конце 1516 года он уже уехал в замок Алленштейн, где с перерывом в один год прожил почти четыре года: с ноября 1516 года до ноября 1519 года и с ноября 1520 года по июнь 1521 года. Новая его резиденция была небольшой крепостью: замок стоял на краю города Алленштейна, расположенного на реке Алле; он был обнесен стенами и представлял собою внушительную твердыню. Его считали самым укрепленным местом во всей Вармии.
«Администратор» капитула имел в своем ведении большой и разнообразный круг дел: он наблюдал за деятельностью городских чиновников и сельских старост, назначал налоги и подати; разбирал судебные дела и дела по наследству; заботился о сдаче в аренду различных принадлежащих капитулу угодий и т. д. Сверх того он обязан был надзирать и за деятельностью и поведением духовенства во всех городах и селах подчиненных ему, как «администратору» капитула, владений. Копернику стало уже некогда заниматься научной работой.
И время было очень тяжелое: отношения между Польшей и тевтонским орденом снова сильно ухудшились, и Вармийской епархии пришлось трудно: орден опять стал стремиться присоединить Вармию к своим владениям. Это обстоятельство побудило Эрмеландский капитул искать защиты и помощи у польского короля Сигизмунда. Но, обратившись за помощью к нему, члены капитула побаивались, как бы и он со своей стороны не лишил капитул его феодальных прав. Поэтому переговоры о помощи Польши тянулись долго, а пока шли переговоры, вооруженные отряды ордена вторглись в Вармию и произвели большие грабежи и опустошения. И Польша, и орден готовились к войне, причем орден обратился за помощью к Германии и к Московскому великому княжеству.
На грабежи и опустошения, чинимые орденскими отрядами, капитул жаловался гохмейстеру ордена Альбрехту, ссылаясь на то, что капитул не находится в войне с орденом, но это нисколько не помогло. Кнехты (солдаты) гохмейстера Альбрехта врывались в Вармию, грабили и жгли деревни, села и даже города: в городе Мельзаке, находившемся в ведении Коперника, они, например, выжгли предместье; на жалобы же капитула гохмейстеру последний отвечал, что грабежи производятся «никому неведомыми людишками» и орден в них нисколько не повинен.
В конце-концов напряженное положение разразилось настоящей войной. Войска Альбрехта наводнили Вармию пользуясь тем, что своего войска Вармия почти не имела; польских же войск там сначала совсем не было. Война велась жестокая: опустошались поля, вырубались и истреблялись сады, выжигались целые селения, избивались и уводились в плен жители. Население Вармии укрывалось в лесах.
