Но, в общем, преподавание медицины в падуанском университете носило все еще схоластический характер; много времени отводилось «теоретической» медицине, и она пользовалась наибольшим авторитетом и почетом. Хирургия же была в загоне. Во времена Коперника в падуанском университете даже не было профессора хирургии; кафедру ее замещали только доценты. Также и кафедра «различных болезней тела» была представлена только двумя молодыми доцентами, не имевшими никакой ученой степени.
Несколько лучше была обставлена кафедра практической медицины. Лекции по практической медицине во времена Коперника читал Петр Траполин, пользовавшийся очень большой известностью как математик.
Что профессор Траполйн, математик и философ, читал лекции по медицине, не должно нас удивлять: характерной особенностью тогдашних ученых было именно отсутствие специализации. Еще в 1633 году некто Кноринг обращается к совету гельмштадского университета (в Германии) с просьбой — «так как он несколько лет прилежно читал лекции на философском факультете, а теперь открылась вакансия на медицинском», позволить ему занять штатную кафедру на медицинском факультете.
В германских и польских университетах был обычай, который в наше время показался бы совершенно несообразным: «чередоваться в предметах». Это значило, что каждый ординарный (штатный) профессор по очереди читал все предметы: логику, философию, этику, математику, физику, астрономию и пр. Таким образом, нет ничего удивительного в том, что Траполин из философа пожелал сделаться медиком.
Получил ли Коперник в Падуе ученую степень доктора медицины? Этого мы до сих пор в точности не знаем, так как самый надежный источник — «Акты медицинской коллегии падуанского университета» — как раз за годы 1503–1507 разысканы не были. То, что Николай Коперник в различных актах Фрауенбургского капитула титулуется доктором, не дает нам все же права предполагать, что под титулом «доктор» во всех этих случаях разумеется ученая степень доктора медицины. Скорее всего здесь имеется в виду степень доктора канонического права, которую, как мы знаем, Коперник имел.
Но Коперник все-таки имел силу воли дослушать до конца все обязательные для студентов-медиков курсы и выполнить «практические занятия». В падуанском университете он оставался для изучения медицины всего около двух лет и в конце 1505 года или в самом начале 1506, наконец, с большим сожалением покинул Италию и покинул ее навсегда. С грустью вернулся он на родину, так как полюбил прекрасную страну, где с небольшим перерывом провел целых девять лет и, следовательно, вполне акклиматизировался. Конечно, пребывание в Италии оставило в жизни Коперника неизгладимый след. Италия дала ему очень многое: в лучших итальянских университетах он слушал лекции, и притом у самых знаменитых профессоров; в Болонье, в Риме, в Падуе, в Ферраре он познакомился со многими выдающимися людьми своего времени. Эти знакомства, конечно, очень были ему полезны; ведь в то время, по справедливому замечанию одного из его биографов, «эти личные сношения были тем важнее, что в те времена не все печаталось, что писалось, и не все писалось, что думалось. Скептическое отношение к современности, проскальзывающее в сочинениях гуманистов, еще смелее и откровеннее высказывалось в частных беседах».
