В 1991 г. продолжалась замена самолётов Ту-16 на Ту-22МЗ. Тем не менее количество ракетоносцев снижалось: в конце 1991 г. три мрап ВВС БФ были переформированы в два штурмовых.
Развал СССР и стремительные изменения "политических реалий", вывод наших войск из стран Восточной Европы и вновь образованных государств, привели к тому, что Вооружённые силы России впервые за свою историю начали ломать собственные стратегические планы, группировки и системы оборудования. Создавалось впечатление, что принятие оборонительной доктрины явилось специально спланированным прологом к развалу Объединения Варшавского договора и СССР, за которыми неизбежно должно последовать крушение вооружённых сил и бегство не очень-то надёжных союзников, вследствие закономерного в этих условиях экономического и политического краха и давления со стороны стран, впоследствии называемых дальним зарубежьем.
27 декабря 1991 г. Джорж Буш, выступив по американскому телевидению, заявил: "Советского Союза больше нет. Это победа нравственной силы наших ценностей. Каждый американец может гордиться этой победой – от миллионов мужчин и женщин, которые служили нашей стране в Вооружённых силах, до миллионов американцев, которые поддерживали свою страну и крепили оборону в период правления десяти президентов".
В том же, 1991 г., как бы случайно, состоялось решение совета НАТО о планах создания на Балтийском море постоянного оперативного соединения, которое в период возможного обострения обстановки будет использовать базы и порты государств Балтии.
В 1992 г. авиация ВМФ лишилась всех аэродромов на территории Белоруссии, четырех аэродромов в прибалтийских странах. На Украине потери оказались наиболее ощутимыми и болезненными: два центра боевого применения (в Николаеве и Саках, где находился комплекс "НИТКА"), восемь аэродромов, огромный современный авиаремонтный завод в Николаеве, одно из управлений ГЛИЦ МО в Феодосии, занимавшееся испытаниями авиационной морской техники и оружия. Украине отошли восемь объектов в управлении ВВС ЧФ, 158 единиц авиационной техники, до сотни ракет Х-22 и многое другое.
Последовали оскорбительные и унизительные в своей основе акции. Так, в апреле 1992 г. начальник Главного штаба ВМФ вынужден был поставить в известность маршала Шапошникова, что на ЧФ и в части 33-го центра поступают телефонные и телеграфные распоряжения главного штаба украинских вооружённых сил, командующего ВВС с требованиями выполнять их указания. Так, за подписью начальника генерального штаба вооружённых сил Украины Живицы поступило указание до 6 апреля вывести за штат генералов и офицеров, не принявших присягу на верность народу Украины, и назначить вместо них командный и начальствующий состав, способный навести воинский порядок (ни больше ни меньше!). Поступали также бесчисленные указания, направленные на дезорганизацию управления и деморализацию личного состава, создание пятой колонны. И эта политика принесла свои результаты: под начало Украины перешли многие офицеры и служащие 33-го центра.
