Функции, которые цесаревич возлагал на Аракчеева при организации учебных классов для офицеров, были Алексею вполне знакомы: он хорошо освоил их еще будучи кадетом. «По учреждении вами, г. подполковник Аракчеев, вследствии приказания моего, для офицеров военного класса, — писал Павел своему любимцу 4 июля 1794 года, — предписываю вам иметь прилежное смотрение, как за успехом их в учении, так и за поведением во время онаго; а притом наблюдать, чтобы они были всегда опрятно и, как должно, по форме одеты, не дозволяя им ходить в классы в сертуках; если же кто против сего сделается ослушным, то дозволяю вам такового тотчас арестовать, дав о том знать за известие коменданту, а меня тотчас рапортовать, так как и доносить мне почасту обо всем оном».
Помимо вышеуказанных функций Павел поручал Аракчееву производить отбор на службу в Гатчину нижних чинов. По рассказам бывших гатчинцев, в акциях отбора Аракчеев преуспел быстро: неизвестно как, но за сравнительно короткое время он наладился сманивать в гатчинские войска разных мастеровых (сапожников, портных, шорников и т. п.). Принимались им даже беглые, если были достаточно смекалистыми людьми. Однажды удалось заманить на службу в Гатчину целый оркестр музыкантов.
Заведуя артиллерией, обучением войск и занимаясь их кадровым пополнением, Аракчеев умудрялся еще исполнять обязанности коменданта Гатчины. Наряду с распоряжениями по военной части Павел давал ему и такие, например, поручения: «На домах, которые по углам улиц, вмазать имена улиц, на медных досках».
Вообще к 1795 году сугубо административная деятельность стала основной у Аракчеева. Цесаревич придавал своим войскам значение, далеко выходившее за гатчинские рамки. Он понимал, что русская армия в целом требует глубоких преобразований, касающихся и организации ее, и применяемой ею тактики ведения боя, и состояния ее вооружения. При этом он сознавал, что его мать — императрица Екатерина — ни на какие сколько-нибудь серьезные реформы в армии не пойдет. Следовательно, задачу совершенствования русской армии придется решать именно ему — после того, как взойдет он на императорский престол. В этих условиях гатчинские войска должны были, по замыслу Павла, стать ядром обновленной русской армии, а их организация — ее организационной основой. Поэтому формируя и обучая свои войска, великий князь одновременно готовил новые воинские уставы для строевой, гарнизонной и лагерной службы, а также положения, устанавливавшие новые правила ведения войскового хозяйства. В подготовке всех подобных документов активное участие принимал офицер Аракчеев.
