Поздний период жизни Омара Хайяма был чрезвычайно труден, сопряжен с лишениями и тоской, порожденной духовным одиночеством. К славе Хайяма как выдающегося математика и астронома прибавилась в эти нишапурские годы крамольная слава вольнодумца и, вероотступника. Философские взгляды Хайяма вызывали злобное раздражение ревнителей ислама.
Научно-философское наследие Омара Хайяма невелико. В отличие от своего учителя Авиценны, Хайям не дал целостной, разработанной им философской системы. Трактаты Хайяма затрагивают лишь отдельные, правда из числа важнейших, вопросы философии. Некоторые из сочинений были написаны, как и упомянутый выше первый философский трактат, в ответ на просьбу отдельных духовных или светских лиц. , До нашего времени сохранилось пять философских сочинений Хайяма. Кроме "Трактата о бытии и долженствовании" еще "Ответ на три вопроса: необходимость противоречия в мире, детерминизм и вечность", "Свет разума о предмете всеобщей науки", "Трактат о существовании" и "Книга по требованию (Обо всем сущем)". Все они кратки, лаконичны, занимают иногда всего несколько страниц.
В современных исследованиях по истории науки философские положения Омара Хайяма отождествляются с учением Авиценны, которое определяется специалистами как средневековое восточное аристотелианство. Хайям воспроизводит ту же модель мироздания, как она обрисована в знаменитой философской энциклопедии Авиценны "Книга исцеления". Эта картина мира, принятая в свое время западноевропейской христианской схоластикой, нашла отражение в общих чертах в "Божественной комедии" итальянского поэта Данте Алигьери (1265--1321) .
Элементы неоплатонизма в сочетании с положениями неопифагорийской мистики чисел, утверждение несомненной реальности внешнего мира и признание всеобщей причинной связи между явлениями природы, отрицание возможности существования мира идей вне мира вещей, проблема происхождения зла и проблема абсолютной предопределенности, учение о субстанциях (предметом научного познания Хайям при этом признает субстанцию сложную, иными словами -- материальную основу) -- все эти идеи Хайяма шли вразрез с мусульманской ортодоксией.
Ограниченный рамками своего времени, Хайям, как и его великий предшественник Авиценна, оставался на идеалистических позициях, но в решении отдельных проблем философии взгляды Хайяма содержали несомненные элементы материалистического мировоззрении. В этом, по утверждению специалистов, Омар Хайям сделал значительный шаг вперед по сравнению с Авиценной. Средневековые теологи уже с XIII века причисляли Хайяма к материалистической школе "натуралистов". В философских концепциях Хайяма есть также отдельные гениальные диалектические догадки.
