Почти одновременно с развитием событий вокруг Конотопа запорожский кошевой атаман Иван Серко напал на ногайские улусы. А в начале года донские казаки организовали на реке Самаре, начинающейся на территории современного Донбасса, засаду и перерезали дорогу трехтысячному отряду татар во главе с Каябеем, спешившим на соединение с Выговским.
Все эти события заставили крымского хана оставить Выговского и уйти с основными силами в Крым. Вскоре к восставшим против Выговского городам Ромны, Гадяч, Лохвица присоединилась усмиренная Выговским в предыдущем году Полтава. Против Выговского выступили некоторые духовные лица: Максим Филимонович, протопоп из Нежина, и Семен Адамович, протопоп из Ични.
К сентябрю 1659 года присягу «белому царю» приняли полковник киевский Иван Екимович, переяславский Тимофей Цецюра, черниговский Аникей Силин.
Очень скоро казаки киевского, переяславского и черниговского полков, а также запорожские казаки под командованием Ивана Серко, выдвинули кандидатуру нового гетмана — Юрия Хмельницкого. На казацкой раде в местечке Гармановцы под Киевом состоялось избрание нового гетмана. В Гармановцах были зарублены послы Выговского, Сулима и Верещака, которые чуть ранее подписали Гадячский договор. Выговский с рады в Гармановцах бежал.
В октябре 1659 года казацкая рада в Белой Церкви окончательно утвердила Юрия Хмельницкого в роли нового гетмана Украины. Выговского принудили отречься от власти и официально передать гетманские клейноды Хмельницкому. Вскоре Выговский бежал в Польшу, где позже был казнен по обвинению в нелояльности польской королевской власти.
После очередного избрания в 1659 году Юрий Хмельницкий подписал новый договор с Русским царством, который существенно ограничивал власть гетманов.
Русско-польская война 1654–1667 годов, эпизодом которой являлась Конотопская битва, в итоге закончилась Андрусовским перемирием, повлекшим за собой раздел Гетманщины по Днепру на Правобережную и Левобережную. Мартовские статьи, гарантировавшие целостность Гетманщины, де-факто были перечеркнуты и забыты русским царем.
Новый гетман, как и его предшественники, тоже попытался выступить против России. Вот как это произошло. В 1660 году боярин В.В. Шереметев выступил с большим отрядом из Киева против Польши. Юрий должен был принять участие в этом походе и шел с казаками за русским войском. Под местечком Чудиновом Шереметев был разбит и взят в плен татарами, которые на этот раз помогали полякам. Затем поляки с татарами двинулись против гетмана и осадили его под Слободищами. Опасаясь за свою жизнь, Юрий после трехнедельной осады, решил сдаться полякам на условиях Гадячского договора. В Корсуне была созвана Рада, которая подтвердила условия этого, так называемого Чудновского договора, а Юрий принес присягу на верность королю перед польским комиссаром Беневским, влиянию которого он с этой поры и подчинился.
