За короткое время Выговский создал мощную и высокоэффективную Генеральную канцелярию. Это учреждение было фактически Министерством иностранных дел и одновременно — внутренних. Оно стало тем самым генератором, который согласно воле гетмана и для Войска Запорожского приводил в движение многочисленные механизмы государственной машины. Сюда приходила военно-политическая информация со всех концов Украины и из зарубежных государств, здесь принимались и отсюда отправлялись многочисленные посольства, согласовывались важные решения, которые вместе с военными победами определяли судьбу Украины. Чтобы создать такой мощный государственный аппарат и управлять им, необходим был огромный талант администратора и политика.
Он был опытным политиком, умелым администратором и дипломатом, храбрым и талантливым военачальником. И все же он уступал Богдану Хмельницкому, хотя умел гибко проводить центристскую линию, особенно в острых социальных вопросах. Тем не менее переход булавы к Выговскому пришелся на сложный период, когда международное и внутреннее положение Украины ухудшалось буквально на глазах.
В 1658 году гетман столкнулся с мощной оппозицией правящей казачьей элите, которая всецело поддерживалась Москвой. Вначале ему удалось разгромить оппозиционеров, во главе которых стояли полтавский полковник Мартын Пушкарь и кошевой атаман Яков Барабаш. Увидев крах первой оппозиции, Москва все сильнее вмешивается в украинские дела, пытаясь установить контроль над происходящими на Украине процессами. Напомним, что российско-польская война продолжалась, и Москве очень не хотелось, чтобы Украина стала союзником Варшавы.
В 1658 году гетман подписал с Речью Посполитой Гадячский договор. Основные позиции этого документа: Создание «Княжества Русского» в составе Черниговского, Киевского и Брацлавского воеводств (казацкие послы первоначально требовали включения также Русского (с центром во Львове), Волынского, Белзкого, Подольского воеводств).
Княжество Русское должно было управляться казачьим гетманом, избираемым пожизненно из четырех кандидатов, представленных казаками и утвержденных польским королем.
Создание в Княжестве Русском собственных государственных структур, должностей канцлера, маршала, подскарбия, судов, собственной юридической и финансовой системы (в том числе монетного двора).
Княжество должно быть связано с Речью Посполитой общим королем. Общим должен быть также парламент (Сейм) и внешняя политика.
