Новые требования заставили коренным образом переработать проект Ту-204. Было решено перейти к двухдвигательному варианту Ту-204 с фюзеляжем большого удлинения и меньшего диаметра, с отказом от всесезонности и гибкости в эксплуатации. Ту-204 в новой концепции должен был по своей экономической эффективности приблизиться к Боингу-757. В трехдвигательной компоновке с широким фюзеляжем при использование Д-90 получить расчетную топливную эффективность менее 19,0 г/пасс.км было нереально, а этот параметр был одним из главных проектных показателей конкурентоспособности с западными аналогами.
Первоначально руководство программой Ту-204 было возложено на главного конструктора Л.Л.Селякова, который руководил проектированием на этапе первоначального проектирования. С переходом к варианту двухдвигательной компоновки руководителем работ по Ту-204 назначается Л.А.Лановский (с 1986 года Главный конструктор, руководитель работ по Ту-204), на плечи которого легла вся основная тяжесть работ по этому проекту в перестроечные годы. Общее руководство программой вел А.А. Туполев.
В настоящее время, в связи с расширением фронта работ по самолетам семейства Ту-204/214, Главный конструктор Л.А.Лановский руководит работами по самолетам Ту204-100, Ту-204- 100Е, Ту-204-100В, Ту-204-300. Работами по самолетам Ту-204-1 20, Ту-204-1 20С, Ту-204120СЕ руководит Главный конструктор, первый зам. генерального конструктора О.Ю.Алашеев. Руководство работами по самолету Ту-214 и его целевым модификациям было возложено на Главного конструктора Ю.В. Вробьева, а после его смерти – на Главного конструктора И.С. Кабатова. Работами по самолетам Ту-204С и Ту-204СЕ руководит Главный конструктор В.Н.Поклад. Общее руководство работами по семейству Ту-204/214 осуществляет Президент, Генеральный конструктор ОАО «Туполев» И. С.Шевчук.
Новый вариант Ту-204 получил временный шифр Ту-204М (в дальнейшем индекс «М» исчезнет). В ОКБ, на смежных предприятиях и организациях развернулась работа по созданию Ту-204 в новом двухдвигательном варианте. Помимо схемы самолета, изменяется НПК и связанные с ним подсистемы, взлетная тяга двигателя Д-90 доводится до 16000 кг (ПС-90А).
После проведения большого объема дополнительных опытно-конструкторских работ по новому варианту, 18 января 1986 г. выходит второе постановление правительства по самолету Ту-204, уже в двухдви-гательном варианте. Вскоре определился и новый серийный завод, где должны были серийно выпускать Ту-204 (до этого речь шла о серии на КуАЗ-е), им стало Ульяновское авиационное объединение (в настоящее время ЗАО «Авиастар-СП»), приступившее в конце 80-х к освоению Ту-204.
