Противник тоже понес потери от мин — 21 августа погиб японский истребитель "Хаядори", 3 сентября — канонерская лодка "Хайен", 8 сентября на мине подорвался крейсер "Ниитака".
Японцы не прекращали бомбардировки укреплений крепости и гаваней Порт-Артура из осадных мортир. Но пока не имели возможности корректировать свой огонь. При бомбардировках гаваней корабли постоянно получали повреждения, которые едва успевали чинить. 22 августа 1-я Тихоокеанская эскадра официально прекратила свое существование, а из оставшихся кораблей был сформирован отряд броненосцев и крейсеров. Каждый из них поддерживал определенный участок сухопутного фронта, для которого передавали оставшиеся орудия. Там же действовали десантные роты с кораблей.
К середине сентября на всех кораблях повреждения были исправлены. Но несмотря на приказ наместника собрать боеспособные корабли и еще раз попытаться прорваться во Владивосток, новый командующий эскадрой капитан I ранга Р. Н. Вирен, произведенный в контр-адмиралы, и сменивший П. П. Ухтомского продолжал держать корабли в крепости.
После неудачи первого штурма крепости японцы решили применить 23-тонные 280-мм осадные мортиры, стрелявшие 200-кг снарядами на 7 километров. Японцы их называли "малышками из Осаки". Мортиры устанавливались на бетонных основаниях за склонами гор, что делало их недосягаемыми для огня русских батарей и кораблей. Всего под Порт-Артуром было установлено 18 подобных орудий. 19 сентября состоялся первый обстрел крепости 280-мм мортирами. В первый же день в броненосец "Полтава" попало 11 снарядов, 9 снарядов попало в броненосец "Пересвет". Были попадания и в другие крупные корабли. Корабли пытались укрыться от обстрелов на внешнем рейде, но там их подстерегала другая опасность — мины и атаки японских кораблей. Обстрелы из мортир стали ежедневными, последний состоялся 19 декабря, накануне сдачи крепости. Один из участников обороны так описал обстрелы 280-мм мортир: "Страшно тяжелое впечатление производит картина методичного расстреливания японцами наших судов, неподвижно стоящих в Западном и Восточном бассейнах и покорно ожидающих своей смерти. Всякая надежда на выход в море и проявление нашей эскадрой какой-либо деятельности давно уже утрачена. Никто не верит в возможность этого, никто теперь об этом даже и не говорит. Все сознают, что роль флота закончена…" 7 сентября японцы захватили гору Длинная и получили возможность корректировки огня мортир. Попадания снарядов в корабли участились.
