Вернувшиеся в Порт-Артур корабли эскадры немедленно приступили к исправлению повреждений. Уже через неделю все корабли вновь могли выйти в море, дать бой противнику и попытаться прорваться во Владивосток. Надо было решать, что дальше будут предпринимать оставшиеся корабли эскадры. Мнение наместника по этому вопросу оставалось прежним — прорыв во Владивосток. Но на совещании флагманов 6 августа большинством голосов было решено остаться в Порт-Артуре и целиком подчинить эскадру борьбе на сухопутном фронте. Только командир "Севастополя" капитан I ранга Н. О. Эссен высказался за выход эскадры в море, чтобы в бою с противником нанести ему как можно больше повреждений и, таким образом, облегчить задачу 2-й Тихоокеанской эскадры. Пусть несколько наших броненосцев погибнет, но и противник понесет потери.
С этого момента эскадра фактически перестала существовать как оперативно-тактическое соединение, которое ведет активные боевые действия на море. Теперь корабли можно было воспринимать лишь как плавучие батареи, которые вели перекидной огонь по противнику из гавани Порт-Артура, не покидая места своей стоянки и лишь иногда выходили из крепости, чтобы поддержать наши войска. Стоит отметить, что артиллерия броненосцев значительно облегчила нашим войскам отражение первых двух штурмов крепости. Кроме того, корабли стали плавучими арсеналами вооружений — все орудия, которые только можно было снять и установить на берегу, постепенно отдавали на сухопутный фронт.
Не остались без дела и экипажи кораблей — из них формировали десантные роты, немедленно отправлявшиеся в качестве подкрепления на передовую. Они возвращались на корабли только для отдыха и пополнения состава, поскольку процент потерь среди моряков был довольно высоким.
Теперь крепость покидали в основном лишь миноносцы. Они использовались для поддержки наших войск и охраны тралящих караванов и кораблей, обстреливающих вражеские позиции, да на минные постановки. Активную поддержку нашим войскам оказывали и канонерские лодки. Выходы всех кораблей на внешний рейд стали очень опасными — подходы к крепости были буквально нашпигованы минами, которые японцы ставили практически каждую ночь. 5 августа на мине погибла канонерская лодка "Гремящий". 10 августа броненосец "Севастополь", как наименее поврежденный, вышел на обстрел японских батарей в бухту Тахэ. Его сопровождали 9 миноносцев. На корабле было лишь 300 человек — менее половины штатного экипажа. Подавив японскую батарею, с броненосца заметили приближающиеся японские корабли. "Севастополь" стал возвращаться в Порт-Артур и в 11.45 подорвался на мине. Корабль получил пробоину, но смог своим ходом вернуться в крепость. Это был последний выход крупного корабля эскадры в море. 11 августа на мине подорвался миноносец "Разящий", ему начал оказывать помощь миноносец "Выносливый", но также подорвался на мине и быстро затонул. "Разящий" был приведен в крепость на буксире миноносца "Расторопный".
