Вечером 2 мая авизо "Тацута" со спасенным контр-адмиралом Насиба сел на камни у островов Эллиот. 3 мая в тумане столкнулись канонерские лодки "Акаги" и "Осима" и последняя затонула. Еще одной жертвой стал истребитель "Акацуки", подорвавшийся 4 мая на мине в 8 милях от Ляотешаня. Погибло 7 офицеров и 16 нижних чинов.
Тем не менее, все эти тяжелые потери японского флота не изменили ситуацию на море, и японцы по-прежнему контролировали акваторию вокруг Порт-Артура и места высадки войск. Сухопутные войска японцев действовали успешно, и им удалось занять Цзынчжоускую позицию. Наступавшие японские войска поддерживались огнем 4 канонерских лодок и 6 миноносцев. Их огонь по левому флангу 5-го Восточно-Сибирского стрелкового полка Н. А. Третьякова был особенно губительным. Наши войска поддерживали своим огнем канонерская лодка "Бобр", миноносцы "Бурный" и "Бойкий". Они обстреливали позиции японских войск из бухты Хунуэза. В результате оставления цзынчжоуской позиции прекратилось железнодорожное сообщение с Манчжурией, японцы захватили порт Дальний и начали использовать его для базирования и ремонта кораблей, высадки подкреплений, доставки боеприпасов, продовольствия и тяжелой осадной артиллерии. Русские войска отступали к Порт-Артуру. В самой крепости начались спешные работы по укреплению фортов казематов, погребов и береговых укреплений, качество работ было невысоким, не хватало пушек для вооружения батарей на сухопутном фронте. Еще 24 апреля Витгефт собрал совещание, на котором было принято решение о передаче с кораблей на береговые батареи орудий, боезапаса и прислуги к орудиям. Все работы поручили проводить капитану II ранга Клюпфелю. Первоначально с кораблей сняли десантные пушки, пулеметы и прожекторы, потом начали демонтаж других орудий. В результате к 1 июня с кораблей эскадры сняли: 1хЗО5-мм орудие, 19х152-мм, 23х75-мм, 7х47-мм, 46х37-мм и 8 прожекторов. Перед выходом эскадры в море 10 июня эти орудия стали спешно ставить обратно, но далеко не все успели вернуть.
19 мая наместник прислал Витгефту телеграмму, в которой говорилось: "Ввиду всякой случайности, флоту надобно, защищая крепость, готовиться к последней крайности — выйти в море для решающего боя". 23 мая Витгефт собрал флагманов и командиров кораблей, которые в ходе обсуждения решили после исправления кораблями повреждений прорываться во Владивосток, а сейчас постараться максимально помочь войскам остановить продвижения японцев. С 25 мая для поддержки войск активно использовали крейсер "Новик", канонерские лодки и миноносцы. Японцы не теряли времени и постоянно ставили мины на внешнем рейде крепости. На одной из них 8 мая подорвался миноносец "Бесшумный", но сумел вернуться в базу и был отремонтирован. На эскадре была создана специальная "партия траления" под командованием полковника Престина, которая каждый день искала вражеские мины, обеспечивала выходы и возвращения кораблей эскадры в крепость. В свою очередь, русские также постоянно ставили мины на пути японских кораблей. Минный заградитель "Амур" получил повреждение от удара о подводный камень во время одного из выходов и в море больше не выходил. Его стали использовать как плавучую базу. Минные постановки продолжились с миноносцев, катеров, плотиков и джонок. Каждый раз ставили не более 20 мин.
