АПЛ пр. 659 была разработана ЦКБ-18 под руководством П.П. Пустынцева, а затем Н.А. Климова. Корабль предназначался для нанесения ударов самолетами- снарядами П-5 по военно-морским базам, портам, промышленным и административным центрам, расположенным на побережье и в глубине территории. Корабль имел двухкорпусную архитектуру, с развитыми надстройкой, ограждением выдвижных устройств и боевой рубки. Прочный корпус был изготовлен из высокоуглеродистой стали АК-25 (толщиной 22-35 мм). На большей части длины он был выполнен в форме цилиндра, а в оконечностях – в виде усеченных конусов. Он делился плоскими водонепроницаемыми переборками, рассчитанными на давление 10 кг/см2 , на девять отсеков. Легкий корпус бьш изготовлен из маломагнитной стали и облицован противогидролокационным покрытием.
ЦГБ размещались в 14-ти цистернах. Три из них являлись аварийно-балластны- ми и служили для восстановления плавучести лодки при потере герметичности одного контейнера из каждого парного блока. Вентиляция всех ЦГБ раздельная. Управление кингстонами и клапанами вентиляции дистанционное при помощи гидравлических приводов. Замещение массы выпущенных ракет производилось приемом забортной воды в специальные прочные цистерны. Конструкции прочного и наружного корпусов были рассчитаны с учетом требований противоатомной защиты.
Обводы легкого корпуса обеспечивали кораблю высокие мореходные качества в надводном положении, что было важным для процесса боевого использования ракетного оружия. В частности, у АПЛ пр. 658 была принята штевневая заостренная форма носовой оконечности легкого корпуса. Она вместе с формой обтекателей антенн ГАК (или ГАС) во многом повторяла форму носовой оконечности АПЛ пр. 658. Обводы кормовой оконечности были такими же как у немецкой «электрической» лодки XXI серии периода Второй мировой войны. Различие заключалось в том, что у АПЛ пр. 659 на кормовых горизонтальных стабилизаторах имелась пара МКГР (как на пр. П627А).
Прочные транспортно-пусковые контейнеры (ТПК) были смонтированы на, прочном корпусе корабля. С бортов и сверху они прикрывались стенками и палубой надстройки, вписываясь в ее обводы. ТПК были сведены в три парных блока (один блок в нос и два – в корму от ограждения рубки). Каждый из блоков поднимался гидравлическими подъемниками (размещались во втором, шестом и седьмом отсеках) на стартовый угол 15° путем поворота на неподвижной полой оси, внутри которой размещались коммуникации, связывающие ракету и контейнер с лодкой. Перед стартом ТПК, поднятые на стартовый угол, фиксировались стопорами, а обе крышки (передняя и задняя) открывались. Все контейнеры поднимались за 140 сек, а крышки открывались за 20-25 сек.
