Николаевский избирается членом В ЦИК, входит в редколлегию "Рабочей газеты" - центрального органа меньшевиков, в группу меньшевиков-интернационалистов во главе с Мартовым. Он с увлечением работает в Комиссии для ликвидации дел политического характера бывшего Департамента полиции при Министерстве юстиции, созданной в марте 1917 г. во главе с В. Л. Бурцевым, а после ее ликвидации в июне - в Особой комиссии для обследования деятельности бывшего Департамента полиции и подведомственных ему учреждений за время с 1905 по 1917 г. при Чрезвычайной следственной комиссии для расследования противозаконных по должности действий бывших министров, главноуправляющих и прочих высших должностных лиц, которую возглавил П.Е. Щеголев.
Как комиссар ВЦИК он многое сделал по сохранению архива Департамента полиции. 28 октября 1917 г., после захвата большевиками власти. Николаевский, ссылаясь на постановление своей партии, заявил об отказе от мандата Петроградского ВРК, гарантировавшего ему поддержку в этом деле. Он приступает к изучению социально-политической истории России и остается верен своему предмету в течение полувека.
В его руки попали некоторые секретные документы из архива Департамента полиции о Р.В. Малиновском, подтвердившие предположения Каменева, Бухарина и его собственные о том, что член ЦК РСДРП, депутат IV Государственной думы являлся одновременно секретным сотрудником царской охранки, о чем он пишет большую статью "Дело Малиновского". Материалы этого архива легли в основу и многих документальных публикаций, подготовленных им для возродившегося в июле 1917 г. журнала "Былое".
Разбирая документы архива Департамента полиции, он обнаружил 46 писем народовольцев, участников покушения на царя 1 марта 1881 г. Наиболее интересные письма А.Д. Михайлова, А.И. Баранникова и М.В. Тетерки, раскрывавшие их духовный мир, впервые опубликованы в одном из номеров журнала под выразительным заголовком - "Кладбище писем". Там же Николаевским напечатаны и документы о казни первомартовца Н.Е. Суханова, "Проект программы русских социал-демократов" и другие материалы Благоевского кружка, документы Департамента полиции о Л.Н. Толстом и об истории первого ареста М. Горького в 1889 г. с комментариями самого писателя, с которым познакомился в 1917 г.
Вместе с П.Е. Щеголевым он издает "труд" чиновника петербургского охранного отделения П.С. Статковского о деятельности столичной охранки в 1895-1901 гг. В "Былом" регулярно печатались и его обзоры литературы по истории революционного движения в России, внесшие весомый вклад в отечественную историографию. Для В.Г. Короленко Николаевский подготовил обзор дела, заведенного в Департаменте полиции 27 сентября 1897 г. по доносу, обвинявшему либеральный журнал "Русское богатство" в социал-демократической направленности. Когда началась реформа архивного дела в России, Николаевский принимает участие в выработке проекта создания Главного управления архивным делом, а затем Д.Б. Рязанов приглашает его на должность инспектора Главархива. С 1919 по февраль 1921 г. Николаевский возглавлял Московский историко-революционный архив.
