Наряду с заботами по сохранению и пополнению архивных коллекций, Николаевский выступил в качестве свидетеля вместе с П.Н. Милюковым, В. Л. Бурцевым и другими на Бернском процессе 1934-1935 гг., признавшем подложность известных Протоколов сионских мудрецов, и на основе этих показаний пишет статью "Современный антисемитизм и Протоколы сионских мудрецов".
В 1940 г. в связи с угрозой захвата фашистами Парижа Николаевский переправил архивную коллекцию в Гаагу и США (в этом ему оказал большую помощь посол США во Франции У. Буллит), а часть закопал в предместье французской столицы. (После войны он вернулся в Париж и откопал чемодан с рукописями). Во время оккупации Парижа фашистскими войсками вместе с другими культурными ценностями захвачен был Русский архив и библиотека. Специальный отряд А. Розенберга, не найдя ни самого Николаевского, ни большей части архива, изъял его богатейшую библиотеку и оставшиеся рукописи, передав их в Институт иудаизма и большевизма во Франкфурте-на-Майне, затем они бесследно исчезли. В США Николаевский приехал в ноябре 1940 г., где продолжил научно-публицистическую и политическую деятельность.
Он создает Лигу борьбы за народную свободу, издает журналы "За рубежом", "Грядущая Россия". В 1947 г. выходит вызвавшая большой общественно-политический резонанс книга, раскрывшая историю ГУЛага.
В известной серии издателя Прагера "Русская история и мировой коммунизм" появился сборник избранных произведений Николаевского с предисловием историка Дж. Кеннана, бывшего посла США в СССР. Он сыграл важную роль в понимании американскими и европейскими учеными закулисной стороны власти в CCCP.
В Нью-Йорке Николаевского знали как директора Американского рабочего архива и исследовательского института. С конце 50-х годов он принимает активное участие в реализации научного проекта по истории меньшевизма под руководством Л. Хеймсона, пишет очерки-воспоминания по истории РСДРП в 1917-1921 гг., подбирает архивные документы. Наряду с этим внимательно следит за публикациями советских археографов.
Рецензируя сборники, изданные ИМЛ, он приходит к выводу, что институт остается "фальсификаторским центром". Б.И. Николаевский продолжает готовить к изданию новые документы, собранные в Европе и в США.
Но, как и прежде, он не издавал документы, вызывавшие у него недоверие.
Это касается, например, документов о провокаторстве Сталина, которого Николаевский знал лично. Он внимательно следил за его восхождением на политический Олимп. "Мне он представляется человеком с большой волей, писал ученый М. Алданову в октябре 1927 г., - хорошо разбирающимся в людях и умеющим их себе подчинить, играя преимущественно не на хороших сторонах характера.
