Сталин, по свидетельству Николаевского, с самого начала был в оппозиции этим переговорам, которым Адлер намеренно придал политический оттенок, включив в состав немецкой делегации Р. Гильфердинга, Дана, Л. Блюма, Модильяни, Пернстофера, а также в качестве эксперта Николаевского. Более двух месяцев шли напряженные переговоры, которые завершились безрезультатно. Немецкие социал-демократы отказались продавать архив. Приказ из Москвы прекратить переговоры пришел около 10 апреля. 19 мая 1938 г. по поручению Вельса и Фогеля был подписан договор о продаже социал-демократической партией Германии Международному институту социальной истории всего архива, в том числе находившегося в Копенгагене.
Б. И. Николаевский проработал в нем около 10 лет и с риском для жизни спас архив от уничтожения нацистами. В Париже за Николаевским и Русским архивом продолжали следить агенты ОГПУ-НКВД. Их заинтересовали контакты русского архивиста с сыном Троцкого Л. Седовым и самим Троцким, которому Николаевский оказывал помощь.
"Пользуюсь случаем,- писал Троцкий сыну ,- чтобы поблагодарить через твое посредничество Б. И. Николаевского за его обстоятельные и серьезные замечания. С некоторыми из них я не могу, правда, согласиться... Во всяком случае замечания Б.Н., без сомнения, помогут мне уточнить текст (биографии Ленина. - В. К.) для всех других изданий. Еще раз благодарю его".
Накануне депортации в 1936 г. из Норвегии в Мексику Троцкий передал часть своего архива Николаевскому. Однако в ночь с 6 на 7 ноября из парижского отделения МИСИ, где хранился этот архив, агентами НКВД была похищена часть материалов. Как считали И. Дойчер и Н. А. Васецкий, взломщики забрали только газетные вырезки и "относительно неважные бумаги".
Сам Николаевский объяснял кражу тем, что Сталину нужны были документы для предполагавшегося процесса Бухарина - Рыкова и конкретные доказательства связей Бухарина с троцкистами за границей. Этим, вероятно, объясняется и тот факт, что архивист уничтожил в конце 1936 г. записи своих бесед с Бухариным, которые вел в течение двух месяцев. Они легли в основу его статьи "Как подготовлялся московский процесс?".
В настоящее время известно, что пропавшая часть архива содержала ценнейшие рукописи статей, письма и др. Среди них, в частности, 103 письма Троцкого - его переписка с американским публицистом М. Истменом и его женой Е.В. Крыленко за 1929-1933 гг. 7 ноября агент НКВД Зборовский докладывал в Москву об успешно проведенной операции, а также о фотографировании и второй части архива Троцкого, хранившейся у Л. Седова.
