Филипп, несомненно, был передовым для своего времени человеком и рачительным хозяином. Соловецкий летописец сообщает и о таких его нововведениях: «нарядил ветр мехами в мельнице веяти рожь», сделал сеялку с решетами, ею управлял один человек. При Колычеве умельцы механизировали подачу зерна в сушило, изобрели «квасопровод», по которому квас из большого чана стекал в погреб, где сам разливался по бочкам.
Сытно стала жить монастырская братия. Тот же летописец с восторгом пишет, что при «Филиппе игумене прибыли: шти с маслом, да разные масляные приспехи, блины и пироги, и оладьи, и кружки рыбные, да и кисель, да и яишница; стали в монастырь возити огурцы и рыжики, прибыли олени, а до Филиппа игумена оленей на острову не было, и коровы…».
Но жизнь Филиппа пришлась на время правления Ивана Грозного. Сначала царь жаловал монастырь колоколами, иконами, ризами, деньгами. На постройку соборной церкви Преображения Грозный послал тысячу рублей — сумма по тем временам огромная. Несколько раз царь вызывал Филиппа в Москву для совета. В 1566 году он сделал соловецкого игумена митрополитом всея Руси. Но Колычев, сам боярин по рождению и духу, начал открыто выступать против всесилия опричнины. Скоро он нажил себе врага — беспощадного Малюту Скуратова. В этой борьбе победил Малюта. Грозный сослал опального митрополита в Тверской монастырь, лишив его церковного сана. В Соловки же прибыла следственная комиссия из церковников и бояр. «Все они хотя и не имели причин враждовать на Святого (так летописец называл Филиппа), однако не устыдились, подобно всем временщикам и льстецам, ищущим не общественного блага, но токмо личных выгод, для коих они всегда готовы попрать веру и добродетель, лестью и посулами почестей склонили игумена Паисия и других соловецких старцев на составление ложных показаний; посему они тогда же взяты в Москву для мнимого обличения Святого Филиппа, а монастырская сумма и ризница по описи запечатана была впредь до разрешения».
Через год Иван Грозный признал обвинения ложными. Он немилосердно расправился с клеветниками, хотел сам идти к Филиппу с покаянием, но опоздал. Опередив царя, Малюта тайно задушил Колычева.
Деятельность Филиппа для Соловецкого монастыря не прошла даром. При нем монастырь стал крупнейшим поставщиком соли на Руси. Соловки отправляли ее в Холмогоры, Великий Устюг, Вологду. Имея большой флот, они успешно торговали с английскими, голландскими, немецкими купцами.
