Уже большой артелью срубили Преображенскую церковь, обнесли ее забором. Но место выбрали не там, где обосновывались Герман с Савватием, а прямо у бухты Благополучия, близ Святого озера, где «морские пловцы от обуревания покой и тишину имеют, близ озера, сладку (пресную) воду имущаго». Больше дети земли, чем неба, монахи жили как простые крестьяне, своими руками добывали хлеб насущный.
Скоро из братии выделился Зосима. Он и стал главой монастыря. Новый игумен первым делом позаботился об укреплении религиозной славы Соловков. Из деревни Сороки он перенес на остров мощи преподобного Савватия, распустив слух об их чудодейственной силе. Потом уехал в Новгород, чтобы найти среди новгородских бояр покровителей и просить у архиепископа защиты от местных жителей, с которыми монахи начали конфликтовать.
Действуя то посулами, то подарками, то лестью, энергичный Зосима с успехом выполнил обе задачи. Заинтересованные в укреплении своей власти в Поморье бояре делали в монастырь богатые вклады драгоценностями, зерном, роскошными церковными одеждами. Знаменитая посадница Марфа Борецкая, семья которой владела большей частью Карельского берега, подарила монастырю Кемскую волость и Сумской посад. Позднее она же с сыном Федором отдала соловецким монахам вкладную запись на свою вотчину на морском берегу. От архиепископа Ионы и новгородских бояр Зосима добился грамоты на владение островами и прибрежными водами.
Так Соловецкий монастырь укрепился на Поморье и стал быстро набирать силу. Морские промыслы, соляные варницы, право беспошлинно торговать солью, богатые земли сделали его могущественным феодалом на Русском Севере.
Несколько раз пожары уничтожали монастырь и деревянные жилые дома, однако проходило время, и он отстраивался вновь. В засушливом 1538 году монастырь выгорел до основания. Этот страшный пожар видел молодой еще боярин Федор Степанович Колычев, недавно постриженный в монахи и названный Филиппом. Когда огонь пожирал бревенчатые строения, Колычев поклялся сделать будущий монастырь каменным.
Через десять лет бывший боярин сделался игуменом. Тогда он и начал воплощать свою мечту в жизнь. Со всех сторон призвал Филипп искусных строителей — каменщиков, плотников, живописцев. Они соорудили Успенскую церковь с трапезной, Преображенский собор, построили кирпичный завод и мельницы, провели дороги, осушили топи и болота, превратив их в обширные луга и пастбища, соединили внутренними каналами озера, открыли кожевенные мастерские. При монастыре же завели монахи большое молочное стадо. На Заяцком острове появилась каменная пристань, а по берегам моря и рек — новые солеварни, железоплавильные печи.
