Теперь стратег Мильтиад реализовал вторую часть своего плана и приказал крыльям сомкнуться, а далее окружить врага. Поскольку фаланги гоплитов сохранили свои боевые порядки, то сумели смять неприятеля. Угроза полного окружения заставила персов обратиться в беспорядочное бегство. Теперь греки свободно били их в спину. Паника в стане противника приняла такие масштабы, что его воины стали садиться на корабли и отплывать от берега. Поскольку построение афинской фаланги не позволяло ей быстро преследовать отступающих, то удалось захватить только семь вражеских кораблей, остальным удалось отплыть. Персидская армия потеряла шесть с половиной тысяч человек. Потери греков убитыми составили всего 192 человека.
Надо было срочно сообщить в Афины о победе. С этой целью самый лучший бегун в армии, Фитипид, был отправлен в город с радостной вестью. Пробежав 42 км 192 м, он вбежал на главную площадь города и прокричал: - Ликуйте! Мы победили!
После этого упал на землю и умер. В память об этом событии на современных олимпийских играх ввели в соревнования пробег на марафонское расстояние.
Поскольку сражение произошло далеко от Афин, то персы решили быстро доплыть на кораблях до города и атаковать его с моря, но Мильтиад заранее предвидел этот маневр. Сразу после окончания сражения его войска быстро двинулись домой. Когда персидский флот подошел к берегу, то обнаружил там греческую армию в ожидании атаки врага. На заседании военного совета противника высадка десанта была признана нецелесообразной, и его флот уплыл на свои базы. На этом закончился первый этап вторжения персов в балканскую Грецию.
Марафонская битва сильно продвинула вперед военное искусство. Бой показал, что хорошо организованная, имеющая защитные доспехи и выбравшая удобное место для боя пехота сильнее регулярной конницы. Умение полководца управлять войсками во время сражения и оперативно реагировать на изменение обстановки стало все больше сказываться на ходе битвы. Если на более ранних этапах сила армии определялась качеством солдат и их численностью, то теперь увеличилось значение вооружения и скорости передвижения, а вследствие этого и возможности занять перед боем более выгодную позицию. Применение защитных доспехов и обитых металлическими пластинами щитов позволило в несколько раз уменьшить потери. Для обеспечения быстрого передвижения тяжеловооруженных пехотинцев необходимо обеспечить каждого воина, как минимум, одним оруженосцем, который помогал бы ему нести снаряжение. Все это заставило тратить на содержание войск слишком большие средства. Поэтому наиболее мощные армии стали иметь именно самые богатые страны. Финансовые возможности государств все больше стали сказываться на их обороноспособности.
