В 1866 году в судьбе Лаврентьева снова происходят важные изменения. В связи с реформированием Иркутской Казенной палаты его выводят за штат. Однако безработным он пробыл недолго. В ноябре 1866 года он переехал на свою родину в Красноярск, где и стал советником Енисейского губернского правления.
14 мая 1867 года его назначают председателем Губернского правления, а с 21 июля по 18 сентября он управляет Енисейской губернией (ГАКК, ф. 160, оп. 1, д. 448, л. 2–7).
Вследствие увольнения генерал-майора Чарторижского от должности гражданского енисейского губернатора и военного губернатора Красноярска Лаврентьеву поручают исправлять губернаторскую должность. (Для справки скажем, что Лев Иванович Чарторижский находился на посту енисейского гражданского губернатора с 29 февраля 1868 года по 24 мая 1868 года.) Почти полгода, с 22 июня 1868 года по 1 января 1869 года, Лаврентьев управляет губернией, подменять губернатора А. Д. Лохвицкого наш земляк будет также довольно часто. Так, со 2 февраля по 23 марта 1869 года и с 20 июня по 2 ноября 1869 года Лаврентьев снова временно становится первым и главным чиновником этого необъятного края.
В эти годы Красноярский детский Владимирский приют становится его любимым детищем. Он участвует и заставляет местное купечество участвовать во всех благотворительных акциях, содействующих развитию школьного образования. Эта инициатива не остается без внимания императорского дома. За труды по развитию образования и попечительства Лаврентьеву объявляется благоволение от Ее Величества Государыни Императрицы.
17 июля 1869 года Сенат производит Алексея Николаевича в статские советники со старшинством. Как и прежде, в отсутствие губернатора Лохвицкого на его плечи ложатся все заботы по управлению губернией. С 1 сентября по 8 декабря 1870 года он снова исполняет обязанности губернатора. Авторитет Лаврентьева среди местного населения, торгового люда и золотопромышленников быстро растет. Они ему доверяют, на него они надеются.
В январе 1871 года его назначают председателем Енисейской Казенной палаты. С 1 мая 1873 года по разрешению Государственного Совета проходит преобразование сибирских казенных палат. Вместо председателя руководители палат стали называться управляющими. Незначительно меняется штатное расписание Казенной палаты, повышается уровень должностных окладов финансовых работников. Уточняются границы между Контрольной и Енисейской Казенной палатой. Забегая вперед, скажем, что после апрельского пожара 1881 года деятельность Красноярской Контрольной палаты будет приостановлена и ее функции будут переданы Иркутской Контрольной палате.
